医院设有心血管内科一区、心血管内科二区、神经内科一区、神经内科二区、血液内科、消化内科、内分泌科、肾脏内科(风湿免疫)、
血液透析室、呼吸内科、肿瘤内科、重症医学科、心身医学门诊、儿科一区(新生儿科)、儿科二区、中医、中西医科急诊科、疼痛门诊、蒙医科、生殖感染门诊、皮肤科、京蒙合作消化医疗中心、骨科一区、骨科二区、骨科三区、神经外科、心胸外科、泌尿外科、普外科一区、普外科二区、普外科三区、妇产科一区、妇产科二区、妇产科三区、口腔科、耳鼻喉科、眼科、保健科一区、保健科二区、康复科、手术麻醉科、功能科、CT-MRI室、超声科、放射科、介入治疗室、病理科、检验科、内镜室、营养科、药剂科等临床和医技科室。
2009年11月16日,鄂尔多斯市中心医院病房楼建设工程获得
中华人民共和国住房和城乡建设部2009年度中国建设工程鲁班奖(国家优质工程)。