部级重点实验室，是指国家部委、中央各部委立项确定的重点实验室，比如教育部重点实验室、工业和信息化部重点实验室、公安部重点实验室、民政部重点实验室等。

2009年4月8日，民政部发布《民政部关于公布第一批部级重点实验室认定结果的通知》，依托单位和共建单位认真按照《民政部重点实验室建设和管理暂行办法》要求，加强部级重点实验室的建设与管理。部里将定期对各部级重点实验室运行情况及绩效进行评估。对评估优秀的部级重点实验室，择优推荐申报国家重点实验室。对评估不达标、不符合要求的部级重点实验室，责成限期整改。对连续两次评估不合格的，取消其部级重点实验室资格。

2008年9月，公安部正式公布了第一批11个部级重点实验室名单。

2001年12月，东华大学为贯彻执行《国家重点实验室建设管理办法》和《高等学校开放研究实验室管理办法》，加强东华大学国家级、部级重点实验室的管理工作，结合学校重点实验室建设的实际，特制定《东华大学国家级、部级重点实验室暂行管理办法》。

中国地质大学有部级重点实验室7个。