2016年10月，据上海市纪委消息：经上海市委批准，上海市纪委对
上海公安高等专科学校原党委书记、常务副校长郑万新严重违纪问题进行了立案审查。
经查，郑万新严重违反党的纪律，且党的十八大后仍不收敛、不收手，性质恶劣、情节严重。依据《
中国共产党纪律处分条例》等有关规定，经上海市纪委常委会审议并报市委批准，决定给予郑万新开除党籍处分。郑万新涉嫌犯罪问题、线索等被移送司法机关依法处理。
2016年10月19日，
上海市人民检察院第一分院经审查决定，依法对上海公安高等专科学校原党委书记、常务副校长郑万新（副局级）以涉嫌贪污、受贿犯罪立案侦查，并采取强制措施。案件侦查工作正在进行中。
2017年3月，上海公安高等专科学校原党委书记、常务副校长、上海市公安局原政治部副主任郑万新（副局级）涉嫌贪污、受贿、为亲友非法牟利一案，经上海市人民检察院第一分院侦查终结，由上海市人民检察院第一分院向
上海市第一中级人民法院提起公诉。
检察机关在审查起诉阶段依法告知了被告人郑万新享有的诉讼权利，并讯问了被告人郑万新，听取了其委托的辩护人的意见。
上海市人民检察院第一分院起诉书指控：1998年至2015年间，被告人郑万新利用职务便利，侵吞巨额公款，为他人谋取利益收受贿赂，并为亲友非法牟利，依法应当以贪污、受贿、为亲友非法牟利罪追究其刑事责任。