1990年11月21日，台湾海峡交流基金会正式成立，并于翌年3月9日开始挂牌运作。该会采取民间团体形式，具法人资格，接受台湾行政管理机构指导，“陆委会”为其主管机关，实际上具有半官方性质。该会设董、监理事会，董事长一直由
辜振甫担任，而秘书长自成立到1998年已走马灯似地换了5个，邱进益就是其中之一。
海峡交流基金会董事长兼秘书长。4月7日，应大陆
海峡两岸关系协会邀请，台湾海峡交流基金会副董事长兼秘书长邱进益一行下午乘飞机抵达北京，与大陆海协会常务副会长
唐树备磋商。邱进益说，海协会与海基会已建立起了非常好的合作关系，这次来，希望在草签两个协议的同时，对建立两会间制度化的沟通管道能达成一个
协议，此外当然还有若干
议题，希望双方在这次会谈中能彼此交换意见、达成共识。4月10日，海峡两岸关系协会常务副会长唐树备与台湾海峡交流基金会副董事长兼秘书长邱进益，下午在
钓鱼台国宾馆草签了《
两岸公证书使用查证协议》、《两岸挂号函件查 询、补偿事宜协议》。4月22日，海基会副董事长兼秘书长邱进益一行和海协会常务副会长唐树备、
邹哲开汪辜会谈