遗传重组 genetic recombination 指分别来自两个亲本的基因连锁群间所产生的交换，形成两个亲本所没有的连锁群组合，产生具有重组性状的后代（重组体）的现象。

因为真核生物是具有二套或二套以上的同源染色体的倍数体，所以一般在减数分裂形成生殖细胞时同源染色体之间会发生交叉从而出现重组；已知霉菌等在体细胞中也会发生重组。因为原核生物（病毒和细菌）是以单一的核酸为基因组的单倍体，因此如果进行杂交，两个亲本DNA分子之间就会直接发生交换而形成重组体。不管哪一种情况，由于连锁基因间的距离和交换频率之间有一定的比例关系，因此测定杂交后重组体出现的频率，就可推断连锁群中基因的相对位置。

通过杂交来测定重组频率这种方法是遗传分析的主要手段，用这种方法可以绘制出基因的连锁图。在病毒和细菌中非同源染色体间也会发生重组。例如噬菌体的基因组整合到寄主细胞的染色体中形成原噬菌体，后者又可以切离寄主的染色体或形成原样的噬菌体基因组，或在切离时同时附着部分寄主染色体。不论是高等生物还是低等生物，重组的基础都是来自两个亲本的DNA分子之间发生的交换，但是重组的分子机制尚未充分了解。从大的方面来说，有人提出两种学说：模板选择模型和断裂愈合模型，特别是用噬菌体进行的精密分析结果强有力地支持了断裂愈合模型，它作为重组的基本机制大体上是不错的，但是从细节上看，也不能完全排除模板选择选择过程。