遗传标志基因是指在遗传分析上用作标记的基因，也称为标记基因。在重组实验中多用于测定重组型和双亲型。其功能不一定研究得很清楚，但因突变性状是明确的，所以容易测定。对于微生物虽多用与生化性状有关的基因，但对高等生物则多用与形态性状有关的基因。也有用着丝粒作为遗传标记的。在微生物遗传学中遗传标记还区分为选择性标记(或称选择性基因)和非选择性标记(或称选择性基因)二类。

为鉴定和检测目的将标记物(如放射性同位素、荧光素或酶)共价连接到另一种化合物上，通过被标记化合物与待检测物之间的特异性反应形成多元复合物，经与未结合的标记物分离后，即可用较简易的方法鉴定和检测待检测物。标记的遗传能够被检测出来。标记可以是染色体上有表达功能的部分(比如基因)，也可以是没有编码蛋白质功能但遗传特性能够被检测出来的部分。