内蒙古蓝奥足球俱乐部由内蒙古蓝奥集团于2015年成立，2016年7月1日在工商部门注册成立通辽市科尔沁区蓝奥足球俱乐部，2018年10月11日更名内蒙古蓝奥足球俱乐部。2018年9月11日，俱乐部被中国足球协会认定为“全国社会足球品牌青训机构（2018-2020）”。2019年9月25日与英超伯恩利足球俱乐部签约，合作开展青训合作项目。