第二次鸦片战争中，广州于咸丰七年（1857）被
英法联军占领。八年底，以
两江总督何桂清为
钦差大臣，办理各国商务。此即
南洋通商大臣。十年十二月（1861.1），
总理各国事务衙门成立后，加设
三口通商大臣，管理天津、牛庄（后改
营口）、
登州（后改烟台）通商事务。
南洋通商大臣亦列于总署之下，除五口外，又兼管南方沿海新开口岸。同治九年（1870），天津教案后，
三口通商大臣改为
北洋通商大臣，加钦差名义，由
直隶总督兼任。南北两通商大臣所司不仅通商，凡涉洋务均在管辖范围之内，军事、交通、税务、教育等无不与闻，遂为全国事权最重的两大疆吏。