透视电子显微镜是一种用于生物学、材料科学、化学工程领域的分析仪器，于2009年6月1日启用。

透射电镜主机主要技术指标： 电子枪： LaB6（六硼化镧） 点分辨率：0.23 nm 线分辨率：0.14 nm 加速电压： 200kV 束斑尺寸：1.0~25 nm 放大倍数（高倍）：2000~1,500,000 放大倍数（低倍）：50~6,000 倾斜角：±35° 能谱仪技术指标： 能谱仪能量分辨率（MnK）：优于136eV。

高分辨显微结构照片、微区电子衍射、EDS能谱。JEM-2100透射电镜作为一架通用的高分辨率分析电子显微镜应用广泛，从高分辨率图像观察、极微小领域X射线分析、通过会聚电子衍射进行的晶体结构的精密分析，到物质的电子结构以及结合状态的分析，在材料开发和物性研究中都发挥着巨大作用。 JEM-2100透射电镜能对材料的显微形貌、结构及化学成份进行实时分析。通过EDX成份分析对纳米微区或微粒进行定性或定量分析，在物理学、化学、材料科学、矿物学、地质、选矿、冶金工程等领域皆可应用；还可以观察细胞的精细结构，已应用于研究生命科学和生物医药学的各个领域，也是病理学上的诊断工具。