连江县政府环境保护局成立于2003年1月1日成立，在卫生局原址办公。 2003年3月3日借用搬迁至原物资处办公室（现址）办公。

1956年1月成立“马祖卫生院”，同年7月改为“连江县卫生院”，以当时“连江县政府”所在地南竿乡复兴村为院址，开办公共卫生及医疗保健业务。 1971年成立环境卫生促进组，执行环境卫生用药之喷洒，病媒管制，饮用水井消毒等工作。 1993年7月1日改制成立“连江县卫生局”，掌理卫生环保行政业务，环保方面由第二课负责全县（限马祖地区）环保工作。

目前本局编制置局长、技正兼课长、课长、课员、技士2员、技佐1员，共计7员。

现有人员计局长、技正、技士兼课长、课员、技士2员、技佐1员、约雇人员1员、约用助理4员，共计12员。