医院设置了保健科室、临床科室和职能科室。保健科室包括妇女保健基层指导科、儿童保健基层指导科、健康教育科、信息资料科；妇女保健科、儿童保健科、生殖健康科、社区医疗保健科、
生殖医学实验室、遗传实验室、新生儿疾病筛查中心、弱视斜视防治中心、妇女儿童心理保健中心、早教中心等；
临床和医辅科室包括妇产科、儿科（含新生儿科）、眼科、耳鼻喉科、中医科、
口腔科、麻醉科、手术室、药剂科、检验科、放射科、
心电图室、超声诊断室、供应室等。
2020年3月，辽宁省妇幼保健院儿童保健中心获得辽宁省
巾帼文明岗称号。