赵吉惠先后在西北师范学院、
陕西师范大学任教。曾任
陕西师范大学历史系教授、陕西师范大学中国思想文化研究所所长、国际中国哲学会学术顾问、中国历史文献研究会副会长、陕西省老子研究会副会长等职
中国古代思想史、中国思想史文献学、中国儒学史、先秦名学研究、道家与黄老之学研究、传统文化与现代、儒家专题研究、史学概论、历史学方法论、历史认识论、历史哲学专题研究、史学理论文献学等课程。
经过多年的研究，赵吉惠形成了自己对于中国传统思想文化的独特的学术见解和稳定的理论体系。他在《中国儒学史》一书里提出了系统的“中国儒学发展史”的理论框架，认为传统儒学发展到清代后期，随着经学解体已经衰颓，传统儒学于现代化虽存在思想遗产可供吸取，但是“儒学复兴”既不可能又不可取，对待传统儒学的基本态度与方法仍是“批判地继承”。传统儒学与道学构成中国思想文化的多元主体结构，战国中后期道家黄老之学成为社会主要文化思潮；荀子非儒家，而是战国后期稷下黄老之学的代表人物，从而提出了他关于“黄老之学”系统的理论框架。
赵吉惠为我国史学理论学科的建设不懈努力，做出了突出成绩。他撰著的《历史学概论》、《历史学方法论》被许多高等院校用作教材；他与其他同志合作撰写的《史学导论》还被国家教委列入高等学校文科教材；他独立撰著的《史学概论》也被国家教委列入“全国高等师范专科学校教材”。这些专著、教材都有自己的学术个性与逻辑体系，自成一家，在国内产生了一定影响。他1991年应邀赴德国慕尼黑参加“中西文化比较”国际学术讨论会，并赴苏联进行考察。
赵吉惠在高等学校辛勤耕耘了40年，1992年享受国务院突出贡献专家特殊津贴。但他自以为见闻薄浅，创获甚微。仍以“不舍昼夜”的饱满精神继续深入探讨中国传统文化与21世纪、传统儒学与亚洲社会、史学认识论与本体论等课题。
20世纪80年代以来正式出版12部著作（个人专著5部，主编4部，合著3部），在海内外学术刊物上发表论文100余篇。此外，参加编写学术性著作10余部，在海内外产生了广泛影响。1991年出版的专著《
孔子研究》，葛荣晋、干春松在《孔子研究》（1993年2期）著文评价为“近年来儒学研究的重要成果，是一本有较高水平、颇有新意的儒学研究著作”。加拿大梁燕城1991年8月在香港《信报》以《赵吉惠论儒学命运》为题著文，评价此书“观点非常有洞见”。金景芳、吕绍纲评价赵吉惠等主编的《中国儒学史》“是我国第一部具有完整体系的大部头儒学史著作。是一部有水平有价值的好书”。宋衍申1986年12月在《光明日报》著文评价赵吉惠1986年出版的《中国儒学史》一书“令人开阔眼界，充满了时代气息，不乏勇于探索精神”。雍迁在《社会科学评论》1988年5期著文评价赵吉惠1987年出版的《历史学方法论》“是解放后近40年来我国第一部史学方法论专著，它不仅具有拓荒再创之功，且将古今中外史学方法融为一体，创立了现代我国马克思主义史学方法论新体系”。台湾出版的《哲学与文化》月刊1990年11月号发表了赵吉惠的《荀子非儒家辨》，编辑部在《编辑室后记》中认为该文“对荀子在传统儒家的地位提出了令人震撼的观点”。赵吉惠主编的《中国儒学辞典》1987年荣获国家优秀图书奖，主编的《中国儒学史》，专著《儒学命运与中国文化》。