东京大学的赤门建于文政十年（1827年），为加贺藩第13代藩主前田齐泰迎娶第11代将军德川家齐的第21女－溶姬时所建，作为贺藩在江户的上屋敷的守殿门。照当时从将军家迎娶夫人的惯例，把门涂成红色。经历过关东大地震后只有轻微的瓦片脱落等情况，这要归功于赤门整个结构有弹性的承受了地震压力，收到的损害很小。
明治维新后的明治九年（1876年），东京医学校自下谷和泉桥通迁至本乡，于是此御守殿门成为东京医学校的大门。翌年东京医学校与东京开成学校合并成立东京大学，赤门遂成为东京大学医学部的大门，一直到明治十七年（1884年）其他学部也迁至本乡为止。明治36年（1903年），为修建医科大学的校舍，将赤门连同赤门门前的一对门灯一同向本田大街方向移动15米。但非常遗憾，该门灯不幸遗失。赤门遗失的物品中还包括自明治中期之前一直悬挂的写有“帝国大学”的门匾。昭和35年（1960年），学校对赤门进行了全面的解体修缮，不仅重新涂了漆，而且把瓦垄墙修葺一新。2002年，还修整了赤门周边的环境，茂密的树从被清除，地上铺满了白色的碎石子。主要因为白色在日本庭院中象征海洋或河流，赤门在大约明治30年（1897年）之前还保留着加贺藩时期的空战壕，而战壕的底部铺有沙子和碎石子，白色石子和赤门相称，多多少少与此相关。
赤门是东京大学的代表性象征之一，后被假借为东京大学的代称，也因而常被误以为是东京大学的正门，但其实东京大学的正门另在不远处。在日本报刊作品中“跨入赤门”就是指被东京大学录取。因为赤门的名声，周围的商店也以赤门为名，然而东京大学正门上却没有明显的标志，倒是交通标牌告诉行人这里就是东大正门。
赤门在建筑样式上属于药医门，中央有一扇大门，大门两侧各有一扇小门，屋顶样式属于切妻造。门主体的两侧建有唐破风造样式的番所（警卫室），已无作用，仅作为古迹保存，而且通常不开放进入参观。现今通过赤门后为称作“赤门总合研究栋”的研究大楼以及经济学部、教育学部的楼舍。