赤道几内亚共和国国旗（英语：The National Flag of the Republic of Equatorial Guinea，西班牙语：La Bandera Nacional de la República de Guinea Ecuatorial，法语：Le Drapeau National de la République de Guinée Équatoriale，葡萄牙语：A Bandeira Nacional da República da Guiné Equatorial），是赤道几内亚共和国的国旗，呈长方形，长宽比为3∶2，靠近旗杆一侧为蓝色等腰三角形，旗面右侧为自上而下的绿、白、红三色横长方形，旗面中央的白色部分绘有赤道几内亚国徽图案。

赤道几内亚位于非洲中西部，由一块大陆（木尼河地区）和五个岛屿（比奥科岛、安诺本岛、科里斯科岛、大埃洛贝岛、小埃洛贝岛）组成，因位于赤道附近，且部分领土又在大西洋的几内亚湾内，故而得名。1471年起，葡萄牙人入侵几内亚湾沿海地区，先后占领比奥科岛、安诺本岛和科里斯科岛等岛屿，随着15世纪90年代《托德西利亚斯条约》的生效，葡萄牙开始对赤道几内亚实行殖民统治。

1777年10月1日和1778年3月11日，西班牙和葡萄牙两国先后签署了《圣伊德方索条约》和《埃尔帕尔多条约》，条约规定葡萄牙将比奥科岛、安诺本岛和科里斯科岛等岛屿割让给西班牙，奥果韦河到尼日尔河之间沿海地区的领土（包括赤道几内亚大陆木尼河地区）亦割让给西班牙，赤道几内亚成为西班牙的势力范围。

1844年—1860年，西班牙通过多次军事远征和开发活动，逐步征服了赤道几内亚的岛屿和大陆地区，在赤道几内亚全境建立了殖民地或保护地。赤道几内亚的行政区划在其后数十年几经变动，最终定名为“西属几内亚”；西班牙殖民帝国统治时期，赤道几内亚使用西班牙国旗。

1956年8月21日，西属几内亚被命名为“西班牙几内亚湾省”，1959年，西班牙几内亚湾省获得海外省的地位，同年7月30日，西班牙几内亚湾省按照岛屿和大陆被划分为费尔南多波省和里奥穆尼省，同时采用了“西班牙赤道地区”的名称，这一时期，赤道几内亚继续沿用西班牙国旗。

1963年12月15日，西班牙赤道地区举行“自治公投”，通过“内部自治”法规，1964年1月1日，西班牙赤道地区实现内部自治并正式更名为赤道几内亚；赤道几内亚实现内部自治后，继续使用西班牙国旗。

1968年10月12日，赤道几内亚宣告独立，定国名为赤道几内亚共和国，马西埃·恩圭马·比约戈·涅格·恩东出任赤道几内亚首任总统，赤道几内亚独立后，采用了新的国旗，旗面靠近旗杆一侧为蓝色等腰三角形，右侧为绿白红三色横长方形；独立当天，赤道几内亚新国旗在首都马拉博上空升起。

1973年4月6日，赤道几内亚对国旗样式进行了更改，在白色横长方形中央添加上了新国徽（亦为赤道几内亚执政党全国统一劳动党的党徽），国徽图案上方为红色公鸡，下方为锄头和铁镐。

1979年8月3日，国家革命人民武装力量部副部长特奥多罗·奥比昂·恩圭马·姆巴索戈中校发动政变，推翻马西埃政权，8月21日，赤道几内亚宣布废除马西埃政权时期使用的国旗和国徽，恢复1968年独立时采用的赤道几内亚国旗，并在国旗的白色横长方形中央添加上了1968年独立时采用的国徽。

1982年10月12日，特奥多罗·奥比昂·恩圭马·姆巴索戈正式就任赤道几内亚总统，赤道几内亚国旗样式保持不变。

赤道几内亚共和国国旗呈长方形，长宽比为3∶2，靠近旗杆一侧（左侧）为蓝色等腰三角形，旗面右侧为自上而下的绿、白、红三色平行横长方形，旗面中央的白色横长方形内绘有赤道几内亚共和国国徽图案，国徽图案呈盾形，盾面图案上有一棵高大的木棉树，盾面上方有六颗金色六角星，盾面下方的白色饰带内用西班牙文写有国家格言“团结、和平、正义”。

赤道几内亚共和国国旗中，绿色代表着赤道几内亚国内的天然资源和森林，象征着财富和陆地；白色象征着和平；红色象征着赤道几内亚人民为实现独立和自由而斗争的精神；蓝色代表着海洋，同时象征着海洋与大陆连接。旗面中央的国徽是赤道几内亚国家主权和民族精神的象征；国徽盾面图案上的木棉树象征着实现独立和自由的赤道几内亚共和国永远屹立在土地上，盾面上方的六颗金色六角星象征着赤道几内亚共和国的六个区域（大陆木尼河地区、比奥科岛、安诺本岛、科里斯科岛、大埃洛贝岛和小埃洛贝岛）。

赤道几内亚共和国境内的政府机关、司法机关、立法机关、军事基地、学校和广场等公共场所需要全天悬挂赤道几内亚共和国国旗，各个岛屿也需要悬挂国旗以表示领土主权，驻外机构亦需要全天悬挂国旗。在一些特定的公共节日，如现任总统奥比昂生日（6月5日）、军队节（8月3日）、宪法节（8月15日）和国庆节（即独立日，10月12日）等，公共和私人建筑上也需要悬挂国旗。

赤道几内亚共和国国旗的图像可以用作赤道几内亚国家奖项荣誉的要素或纹章基础，以及各种官方机构的旗帜、徽章及纹章标志等。

2008年8月7日，参加北京奥运会的赤道几内亚奥运代表团在北京2008年奥运会运动员村举行了升旗仪式，升旗手升起了赤道几内亚国旗。

2021年3月7日，赤几最大城市巴塔一处军事区域发生严重爆炸事故。根据官方统计，事故累计造成107人死亡，超过600人受伤。事故起因是军火保管部门疏忽，致使附近农场发生的火灾殃及军火库，引发连环爆炸。

2021年3月9日，赤道几内亚总统特奥多罗·奥比昂·恩圭马·姆巴索戈签署总统令，宣布3月10日至12日赤道几内亚全国降半旗，哀悼在3·7赤道几内亚爆炸事故中的遇难者。根据总统令，巴塔被列为灾区，政府已拨款100亿中非法郎赈灾，并设立专门银行账户用于接收捐款。12日，赤道几内亚政府在巴塔体育场为爆炸事故遇难者举行集体葬礼。葬礼现场摆放着一具具棺木，棺木上均覆盖赤道几内亚国旗。葬礼现场宣读了遇难者名单，总统奥比昂携夫人向遇难者敬献花圈。奥比昂在致辞中向遇难者表示沉痛哀悼，重申政府灾后重建决心，呼吁民众团结一致、共渡难关。