赣州综合保税区位于赣州市南康区深赣合作核心区，全国第35个、江西省第一个综合保税区。2014年1月22日经国务院正式批复设立。规划面积4平方公里，一期建设面积1.895平方公里，规划建设保税物流区、保税服务区、保税加工区和口岸作业区四大功能区。赣州综保区着力构建以电子信息为龙头，现代物流为支撑，跨境电商、装备制造、矿产品加工、家居制造、保税维修等为特色产业，齐头并进的发展格局。

《国务院关于支持赣南等原中央苏区振兴发展的若干意见》明确指出：在赣州出口加工区的基础上按程序申请设立赣州综合保税区，建设成为内陆开放型经济示范区。2012年8月，赣州市人民政府将《关于在赣州出口加工区基础上建立赣州综合保税区的请示》上报省政府。

2014年1月，国务院正式批复江西省人民政府和海关总署，同意设立赣州综合保税区。

2015年10月20日，赣州综合保税区通过国家多部门验收，正式封关运行。

2021年11月，获国务院办公厅批复同意规划调整至赣州国际陆港，规划面积约1.308平方公里，位于赣州市南康区深赣合作核心区。

2023年11月1日，海关总署、国家发展改革委、财政部、自然资源部、商务部、国家税务总局、国家外汇管理局七部委组成联合验收组，实地对赣州综合保税区进行正式验收，一致认为赣州综保区规划调整后符合基础和监管设施设置规范要求，同意通过正式验收，并颁发了验收合格证书。这标志着赣州综保区规划调整后正式建成，具备开关运作条件。

2024年1月9日上午，随着2辆跨境电商进口货车和6辆出口货物集卡从赣州综合保税区通关，标志着赣州综合保税区新址正式封关运营，首单保税业务同时顺利开通。

国务院的批复指出，赣州综合保税区的功能和有关税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区综合保税区是海关特殊监管区的一种，具有开放层次高、政策优惠、功能齐全、通关最便捷等特点以及承接国际产业转移、扩大对外贸易、推动产业转型升级和促进就业等重要作用。赣州综合保税区建成后，其独特的产业聚焦优势和辐射效应，将在吸引优质资源、承接东部产业转移、推动产业转型升级、辐射周边国家地区等方面搭建起一个更为开放、层次更高的经济平台，为促进赣州乃至江西区域经济发展和对外贸易增长注入强劲动力。