赣南科学院（Gannan Academy of Sciences）是赣州市政府直属正县级事业单位。

1952年，赣州市花卉研究所建所，与赣州市甘蔗研究所，江西省甘蔗研究所三块牌子，一套人马合署办公。1955年4月，赣州市农业科学研究所建所。1959年，赣州市林业科学研究所建所。1963年8月，赣州市畜牧研究所建所。1973年，赣州市水产研究所建所。1976年，赣南树木园成立。

1978 年，赣州市农机化研究所建所。1981年，赣州市柑桔科学研究所建所。1983年，赣州市科技情报所建所，2000年，成立了赣州市生产力促进中心，与赣州市科技情报研究所两块牌子，一套人马，合署办公。1996年12月，赣州市烟草科学研究所建所，2009年增挂赣州市旱作物科学研究所。

2005年7月26日，赣南科学院挂牌成立，以图改变赣州市科研机构管理体制落后、资源配置浪费、科研任务不足，科研成果不多，与赣州市经济社会发展的要求严重不适应的局面。

2005年4月和2007年11月，赣州市政府分两步将原隶属于市农业局、市林业局、市果业局、市科技局、赣州开发区等单位的市属10家科研单位划归赣南科学院管理，历时两年的时间完成了机构的划转组建工作。

截至2018年2月，科学院拥有编制数量1101个，职工总数1230人，其中在职人员636人（在编在岗人员249人，待岗人员357人），退休职工594人；博士2人、硕士研究生64人；在职正高专业技术人员13人、副高专业技术人员44人、中级专业技术人员93人、初级专业技术人员124人。

职工中有享受国务院特殊津贴专家3人，省政府特殊津贴专家3人，市政府特殊津贴专家4人，省百千万人才工程人选5人，获市青年科技奖9人，西部访问学者1人。科研人员274人（含待岗人员）占比43.1%，中级以下职称人员217人占79.2%，副高以上职称人员占20.8%。

截至2018年2月，科学院下辖赣州市农业科学研究所、赣州市林业科学研究所、赣州市畜牧研究所、赣州市柑桔科学研究所、赣州市烟草科学研究所（市旱作物科学研究所）、赣州市科技情报研究所、赣州市水产研究所、赣州市花卉研究所、赣南树木园、赣州市农机化研究所、赣州市稀土研究所和赣州市钨业研究所、科技发展中心、中心实验室等14个直属单位。

赣南科学院建有博士后科研工作站、江西省油茶产业综合开发工程研究中心、江西省科学院赣南分院、江西省林业科学院赣州分院、中科院植物联盟（赣南树木园）、“华中农业大学赣南柑橘农科教合作人才培训基地”、水稻、脐橙、花生三个国家现代农业产业技术体系综合试验站、国家油茶科学中心赣南试验站、国家（赣州）油茶良种繁育基地、赣州市林木良种繁育中心，蔬菜、水禽、生猪、水产四个省现代农业产业技术体系综合试验站。

2017年8月19日，“中国稀金谷”科技创新平台—“中国（赣州）稀金新材料研究院”挂牌。

截至2018年2月，科学院共有山林地21627.5亩，土地2081.301亩，科研基地14443.51亩（含试验田、山林、水域）。2017年，国家水产原良种场建设项目《江西省赣州市斑点叉尾鮰良种场建设》通过正式验收。

赣南树木园景区1500米环湖木塑栈道建设全线接通并开放使用，由中国建筑设计院承担的赣南树木园景区总体规划设计及2000亩研学旅行基地修建性详细规划设计完成总体规划初步成果编制并通过评审。

2017年，赣南科学院承办了中科院“赣南苏区院士行”活动，邀请60多位院士和国内顶级专家来赣州开展相关活动；承办了江西省农业科技创新联盟2016年度工作会、江西水禽产业体系2017年度工作会和华中农业大学科学传播研修讲座。

赣南科学院邀请中科院谢华安、谢联辉院士一行在赣州市开展“发展高效生态农业，实现中央苏区精准脱贫”调研活动；邀请中国工程院院士、国家柑橘产业体系首席专家、华中农业大学校长邓秀新等柑橘专家到深入赣州各柑橘主产区调研指导柑橘黄龙病防控有关情况。

赣南科学院协办国家农业科技创新联盟在赣州市举行的柑桔优势区域黄龙病综合防控协同创新联盟成立暨现场观摩交流会；邀请省科学院、省林科院、江西农大、江西理工、福建农林大学等院校的专家学者到院开展科技交流与合作。

2017年，赣南科学院实施科研项目213项，在研项目经费累计5137.54万元，其中，国家级项目11项、省（部）级55项、市（厅）级147项、自选储备29项。

新增科研项目60项，新增到账资金1473.02万元；项目结题验收13项；申报各级科技奖9项，获得科技成果奖励5项，其中，获省农牧渔业改进奖2项，获赣州市科技进步奖3项：市柑桔所《赣南脐橙园蓟马防治与推广应用》、市畜牧所《全小麦饲用改良剂及其猪饲料配方的创制与应用》、赣南树木园“宛田红花油茶引种技术研究”获赣州市科技进步奖。

赣南科学院全年共发表论文65篇；获得专利5个。

2017年，赣南科学院组织开展了科技宣传、科技服务90余次，开展科技咨询3700人次，培训2600人次，服务龙头企业、合作社、种植大户共计170多家，服务面积达3.9万多亩。

赣南科学院派出一批农村科技工作经验丰富的脐橙、油茶、蔬菜、畜牧、水稻等领域专家参加全市农业科技下乡活动，接受农民群众科技咨询100余次、发放科技资料5000余份。派出5名县处级领导干部赴寻乌县挂点驻村开展精准扶贫工作。派出中、高级职称科技专家78人参与活动，为推动科技特派员工程取得实效，策划实施了“科技特派员在行动”活动，活动涵盖了脐橙、油茶、蔬菜、生猪、家禽、水稻、水产和花卉苗木等赣南特色优势产业，覆盖了全市17个县、市、区。

2017年5月，举办了“赣南科学院2017年科技活动周活动”活动，组织了脐橙、油茶、生猪、蔬菜、水产等产业科技专家深入各产业县开展科技咨询和科技服务，赠送科普书籍2000余册、发放《科普宣传手册》等技术资料3000余份。

2015年11月，赣南科学院获人力资源社会保障部、全国博士后管理委员会批准博士后科研工作站。

2017年7月25日，赣南科学院举行赣南科学院博士后科研工作站博士后进站暨揭牌仪式，赣南科学院博士后科研工作站正式运行，华中农业大学园艺林学学院王璞博士成为第一位进入该站的博士。

首位进入该站的华中农业大学茶学专业王璞博士对江西野生茶树的收集与利用进行课题研究。

赣南科学院院徽由双圆构成，外圆由赣南科学院中英文名组成。

内圆以北半球为背景，象征着赣南科学院“科技立院、人才强院、产业兴院、开放办院”的办院方针。

北半球之上为赣南科学院英文简称。

党委书记：江树华

院长、院党委副书记：温扬汉

副院长、党委委员：刘义生

副院长、党委委员：吴海洋

副院长、党委委员：朱恩华

党委委员：郭小华

2019年3月，获得“江西省第十五届文明单位”荣誉。