土地革命战争时期，中国共产党统一领导赣南地区武装斗争的军事机构。1934年5月，根据中革军委决定，粤赣军区改为赣南军区，龚楚任司令员，钟循仁任政治委员。下辖第一、第二、第三军分区，另将原粤赣军区红军独立第六团和原江西军区红军独立第十三、第十四、第十五团调归赣南军区建制。5月下旬，赣南军区内设赣南动员区，项英兼任主任。6月，赣南军区驻于都县城。7月，粤赣军区撤销，原辖第一、第三军分区和独立第五团、第十团划归赣南军区建制。10月，中央军区成立，赣南军区归其建制。军区整编后，蔡会文任司令员，阮啸仙任政治委员，刘伯坚任政治部主任。下辖杨赣军分区和赣粤边军区。1935年3月，赣粤边突围战中阮啸仙、刘伯坚牺牲，仅军区司令员蔡会文率少数人员突出重围到达赣粤边区，与中央分局书记项英、中央政府办事处主任陈毅等会合后，率军区突围余部编入赣粤边游击队。至此，赣南军区撤销。