贵阳中医学院研究生教育始于1979年，2003年，经国务院学位办批准，授权该校开展“向具有研究生毕业同等学力人员授予硕士学位”工作，同年，批准为临床医学硕士专业学位试点单位，并可招收在职人员攻读硕士学位。

该校现有一级学科硕士学位授权点3个，即中医学、中西医结合、中药学；有二级学科授权点17个；其中，中药学、中医骨伤科学、中医内科学、中医基础理论、中西医结合临床、针灸推拿学为省级重点学科；中医内科内分泌病学、脑病学、血液病学，针灸学，中药药用植物学为国家中医药管理局重点学科。

学校现有9个本科专业、12个院系（部），10个科研机构、两所直属附属医院，另有4所非直属附属医院。有国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，省级重点实验室1个、省级研发中心3个。近年，该校研究生教育对推动学院学科建设发展起到了重要作用。