贵州大学昆虫研究所即在此基础上，于1999年经学校批准，成立的隶属于农学院的教学科研单位。该研究所现是“
贵州山地农业病虫害重点实验室”、“植物保护”一级学科博士点、“动物学”博士点和“动物学（昆虫学）”省级重点学科的主要依托单位，国家一级刊物《
昆虫学报》的协办单位。
研究所现有研究队伍15人，其中教授7人，副教授8名。具有博士学位的11人，在职攻读博士学位1人。有博士生导师5人，硕士生导师10人。国家“百千万人才工程”一、二层次人选1人，贵州省省管专家2人，贵州省跨世纪科技人才1人，贵州省优秀青年科技人才2人。另有5名实验室工作人员。现已形成昆虫系统学、蜱螨学、
昆虫生态学、农业有害生物综合治理、资源昆虫学、
城市昆虫学、入侵生物学和分子生物学等多个稳定的研究方向。
近五年共承担了各类项目41项，科研经费400多万元，其中国家级项目6项，部级项目2项，省级项目23项，其他项目10项。近五年出版学术专著7部，副主编或参编教材5部，发表论文122篇，其中SCI收录论文6篇，权威及核心刊物论文65篇，获国家级（参加）和省级科技奖励6项。
研究所有“动物学”和“农业昆虫与害虫防治”2个博士及硕士授权点,“农业昆虫与害虫防治”高校教师攻读硕士学位授予点。“动物学（原为昆虫学）”硕士点自1984年开始招生，已经培养14届52名硕士研究生。“动物学”博士点于2004年开始招生。
研究所包含省级重点实验室“
贵州山地农业病虫害重点实验室”（主体）、专业实验室“农业昆虫与害虫防治实验室”、双基实验室“植保科学实验室”（部分），实验室面积2200平方米，仪器设备400多万元，具有较完善的开展昆虫学教学和科研的条件。