贡巴萨·土登吉扎5岁时被选定为贡巴萨寺转世活佛；8岁坐床，并为哲蚌寺大经堂活佛。

1951年西藏和平解放时，贡巴萨·土登吉扎将贡巴萨寺所属的土地、房屋等无偿提供给进藏部队使用，并与十八军首长建立了亲密关系。1952年10月任西藏七一农场藏文教师，1955年任西藏军区联络处参事室干事、工程处副主任，1957年12月任西藏行政干校总务处副科长，1960年任西藏自治区筹委会参事室参事，1966年任西藏自治区拉萨市政协委员，1969年任西藏自治区政协委员、常委，1984年任西藏自治区政协副主席。第六届、七届全国政协委员。1996年5月经组织批准退休。在拉萨逝世，享年92岁。