据《江西佛教史》载：“竺昙现从江西靖安来庐山西北麓香炉峰下结茅，寂后慧永继之”。慧永是竺昙现早期的徒弟，后又是道安的弟子．慧远的师兄。慧永与慧远因曾有约定，一道去罗浮山(今广东博罗、增城二县境内)修竹。因竺昙现的圆寂，慧永继承师业，从太行恒山来寻阳，先期到达庐山。太和元年(336)，(注：有些书将太和元年为公元376年，实误。公元376年实为太元元年)江洲刺史陶范(陶侃之子)为了恭请慧永在庐山长住，为慧永建造出一座“长廊绕涧，斜砌环池”的寺宇，冠名西林寺。礼清慧永卓锡寺中，主持法务。经过慧永数年的操持，于晋太元年间(376—396)，慧永建西林石塔，3丈高，此时西林寺殿阁台厩厨齐备，成为庐山的一大名刹。有神运阁、伏虎精舍等建筑尤为壮观。东晋义熙十年(414)，慧永在禅室圆寂，塔葬香炉峰下香谷之口。寺因遭兵焚而逐渐衰败。梁天监三年(504)，僧慧思来到寺中，主持重振，住僧增多。南朝太清年间(547—549)，西域僧人来寺中礼拜，带来高8寸，径5寸影石一块，供奉于大殿佛像顶上，时放异光，夺目耀眼。在影石照耀下，佛像变幻不一，在僧俗两界中引起很大反响。隋开皇十年(590)，被晋王杨广派专人(王仁寿)取走，及登储贰，乃送藏曲池日严寺。仁寿年问(60l一604)，僧慧达应请入住西林寺，主持建重阁7间。慧达禅修有素，形服粗弊，且沉纳似不能言，而率众修持多有成。隋大业六年(601)慧达圆寂寺中。
唐
天宝十三年(754)，唐玄宗下诏在西林寺后敕建千佛塔一座，以示敬崇。同时朝廷赐田百余顷，给予免税权。永泰年间(765-766)，西林寺一度为律寺。名士颜真卿、自居易等先后
来寺游访，留下记和诗作。宋
太平兴国年间(976—987)太宗赐西林寺以“太平兴国乾明寺”额，寺由此成为禅林。宋景德年间(1004—1007)，朝廷敕修西林寺殿字廊厩。期间，有黄龙巨匠常贤执掌法席。由此，西林寺代有高僧，成为闻名海内外的名寺。名士显贵留下不少题咏佳作，其中以苏轼《题西林壁》最为著名，有千古绝唱之誉。元代至正十二年(1352)，西林寺毁于兵灾。明洪武十四年(1381)，寺僧募缘重建。永乐年间(1403一1424)，碧岩定执掌法席，力弘临济宗风，募建佛殿像，重建钟楼、鼓楼，新建藏经阁，扩建寮房，修复斋堂。一时西林寺香火复盛。但其后不久，西林寺因住持乏人，再度衰落。明崇祯5年(1632)僧照真，号一如，竟陵人，俗姓尹，受兴于三昧光公，住西林。适给事中景陵王鸣玉谋取兴复，耗8年之艰辛，重建西林寺。同时，照直率寺僧勤于农禅，奋力垦荒。又得信众捐助369余亩地，僧众自耕自蓄，常住丰裕。并且，募缘重修千佛宝塔。殿阁经堂粲然一新。年六十坐脱，塔于寺之后山。明崇祯十三年(1640)，搏凡自虔州(今赣州)双峰山迁锡西林寺，主持法席达13年之久。博凡圆寂后，西林寺又曾一度衰落。其后，临济宗继溪储禅师法嗣志玄，号古嶷，入住西林寺，再度修复寺宇，西林寺殿宇廊厩基本得到恢复，香火复盛，蔚然成为庐山著名丛林之一。古嶷圆寂后，塔于寺西。清乾隆四十三年(1778)，因年久失修，西林寺殿堂坍塌，埋没榛棘。清嘉庆年间(1796一1820)，阮远等四处募缘，方将大雄宝殿、禅堂等修复告竣。咸丰四年(1854)，西林寺又一次遭战火所毁，直到咸丰十一年(1861)，麓松和尚应请入住西林寺法席，方率众募缘重修殿室，再塑佛像，一度复兴为十方丛林。
民国之初，西林寺住持数次重换，殿宇破败，仅维持香火而已。民国三十二年(1933)，国民党元老重臣戴季陶及元配夫人钮有恒夫妇捐资修复千佛塔。民国二十七年(1938)，日军入侵，千佛塔楼全被拆毁。
抗日战争胜利后，复真住持西林寺法席。
新中国成立后，西林寺仅存一栋殿宇和破塔。50年代之初，妙理住持西林寺，后为比丘尼达禅住持。1980年，达禅师60余岁。1987年，台湾觉海法师回到祖籍江西九江朝山，参拜净土祖庭慧远大师，路过西林寺，礼拜慧远师兄，西林寺始祖慧永大师。看到西林寺破败不堪，仪存一间十余平方米小草房和摇摇欲坠的千佛塔，发愿重振之。1989年初，九江市统战部领导代表政府向觉海提出，请觉海法师归藉重建西林寺的邀请。
1989年底，觉海法师带回从美国、台湾筹措的巨额资金。从1990年初至2l世纪的2005年底，整个西琳寺的建设，分三期完成了预定的计划。共投入资金1600余万元(此款全为觉海法师家人变卖家产和儿女们的积蓄)；征用土地49．5亩，折合33300平方米，砌3．5米高围墙近千米。修复千佛塔、新建西琳寺开山祖师慧永塔、大雄宝殿、左右寮房、接待室、膳厅、山门、天王殿、阿弥陀佛殿、地藏殿、观音殿、藏经楼，三圣殿、僧舍楼、五观堂、沙弥楼、念佛堂、玉佛殿、伽蓝殿、大客堂、大斋堂、放生池两个、广场、塑装金佛像48尊，千佛塔供奉佛像1080尊。全寺占地面积33000余平方米，
房屋建筑面积9000多平方米。整个寺宇重放光彩，金碧辉煌，香火旺盛，游人络绎不绝，名声远振。当年的鼎盛重现。寺内现有尼众数十人，已成为九江大寺院之一。