表达文库:如果所进行的克隆实验是为了大量表达目的蛋白，则必须用表达载体来构建能够产生足够的基因编码蛋白的表达文库。表达载体中除有克隆载体的元件外，还具有控制基因表达的序列(如启动子、SD 序列、ATG.终止子等)。

表达载体又有融合蛋白表达载体及天然蛋白表达载体之分。表达文库适合不知道蛋白质的氨基酸序列、不能用核酸类探针筛具有表达载体选目的基因的分离。蛋白质表达文库一般是CDNA 群体融合于噬菌体或质粒的开放读框而形成的文库。载体被基因工程细菌表达的DNA 为RNA 和蛋白质。其结果形成的噬菌体斑或细菌集落能用蛋白质或核酸探针来筛选，以鉴定编码特异结合蛋白质的CDNA。Xencor公司开发了ProCode 文库，这是一个蛋白表达文库，它可以来自于任何感兴趣的细胞或者组织，文库中的每个蛋白在翻译后都带有一个质粒标记，即一个含有该蛋白相应CDNA的小环状DNA。这个文库可以在合适的哺乳动物细胞中表达，并且可以保持正确的蛋白折叠和加工。检测表达的蛋白与候选的药物之间的相互作用时，由于CDNA 标记的存在，呈阳性反应的蛋白很容易鉴别出来。