行枢密院，是枢密院的派出机构，金国自完颜珣以来因内外战事不断，外有蒙古、西夏、宋的战事，内有红袄军起义，于是在各地广置行枢密院，除了军事职能外，还有节制地方机构和签军、治理地方等职能。忽必烈建立蒙元后，因为作战、调动军队等军事行动，亦广设行枢密院，监督、控制地方镇戍机构的运行，元末为镇压红巾军起义，行枢密院又设有分支机构的枢密分院。韩宋于龙凤二年（1356年）设有江南等处行枢密院，由朱元璋亲自统领，龙凤七年（1361年）改为大都督府。

绍兴二十三年（1153年），完颜亮将都城由会宁府（今黑龙江省哈尔滨市）迁往燕京（今北京），金国对北部边陲的统治变得薄弱，为了防御北部民族的反金运动与侵扰，金国在北边开筑界壕以作防御。完颜璟时期，北方部族起兵反金，庆元二年（1196年）以后，金国为巩固西北边陲 ，始置行枢密院于抚州（今内蒙古兴和城），其后又置行枢密院于会宁府（今黑龙江省哈尔滨市）。完颜永济时，为防御蒙古的入侵，又建行枢密院于大同府（今山西大同）。完颜珣时期，外有蒙古、西夏、宋的战事，内有红袄军起义不断，完颜珣于是在各地广设行枢密院。

行枢密院是应战事的需要而设，见诸史籍的金国行枢密院的名字多达18个，分别为：抚州行枢密院、上京行枢密院、西京行枢密院、徐州行枢密院、归德行枢密院、陕西行枢密院、河南行枢密院、许州行枢密院、河北行枢密院、东平行枢密院、中京行枢密院、宿州行枢密院、邓州行枢密院、寿州行枢密院、镇宁行枢密院、陕州行枢密院、济州行枢密院、邳州行枢密院。这些行枢密院亦有前后相继、置所相同、名字不同的，如抚州行院与镇宁行院，河南府行院与中京行院等，去掉重复的部分，《金史》所载的行枢密院为16处。除了军事职能外，行枢密院还有节制地方机构和签军、治理地方等职能。

忽必烈建立蒙元后，为加强中央集权，统摄地方镇戍军队指挥权，在中央设立了枢密院，作为掌管全国军事的最高管理机构，同时在边疆地区和中原腹地、各行省设行枢密院，监督、控制地方镇戍机构的运行，形成一套完整的军事管理体系。《元史·百官二》中载：「国初有征伐之事，则置行枢密院。大征伐，则止曰行院。为一方一事而设，则称某处行枢密院。」由此可见，自蒙元建立开始，因为作战，调动军队等军事行动，会在战区设置行枢密院，作为中央的派出机构，为的是掌控军政之事，监督地方，及时向中央枢密院汇报，起到节制作用。

直到蒙元末期，蒙元在全国共设立了30余处行院。这种行院设置，最初往往都是与在各地之用兵作战有关，如忽必烈发动对中国南宋的侵略战争前后，就在长江沿岸军事要地，设置了四川、荆湖、东川、淮西、江淮等行院。行院大多并不持久，通常「事己则废」，有的直接废黜，有的则并入行省，也有部分行院未被撤销，而是与当地行政机构并立，分掌军务。行院在蒙元时期是临时性的地方军政机构，设置与废除没有常规，往往是因事而设，事毕则罢，某地方存在军事隐患即可设置，主要要随时控制地方的反元起义，维护统治的稳定。

行枢密院亦有分支机构，据《元史·百官志八》载：「至正兵兴，四郊多垒，中书、枢密，俱有分省、分院：而行中书省、行枢密院增置之外，亦有分省、分院。」「枢密分院」条下列举的枢密分院有卫辉、彰德、直沽、沂州四处，均是龙凤元年（1355年）以后所置，这几处枢密分院应该是指中央枢密院的分院，主要集中在腹里地区。行枢密院的分院则有漷州枢密分院，龙凤四年（1358年），蒙元「以参知政事崔敬为山东等处行枢密院副使，分院于部州，兼领屯田事」。腹里地区的这几处枢密分院的设置主要是为应对与韩宋的战事。天祐元年（1354年），蒙元百万大军溃败于高邮张士诚，至龙凤元年（1355年），韩宋开始主动出击，大有直趋腹里之势，蒙元中央情急之前在卫辉、彰德、直沽等地置枢密分院，重重设防。第二年四月，又「以知枢密院事实理门分院济宁」，十一月，「河南陷，…又于沂州设分枢密院，以兵马指挥使司隶之」。枢密分院与行枢密院都是枢密院的分支机构，但也有不同之处，行枢密院的设置是为主动出击的「征伐之事」，而枢密分院更像是临时军事指挥中心，是为被动的防御而置。

韩宋建立之初，制度多因袭元制，于龙凤二年（1356年）朱元璋攻克集庆路（今南京）后设立江南等处行枢密院，以朱元璋为行枢密院同佥，后又于战略要地设立了六个枢密分院，为江南等处行枢密院下的分支机构，分别是立于常州的长春枢密分院、江淮枢密分院、徽州的星源翼枢密分院、诸全州的枢密分院、婺州的宁越府枢密分院以及改扬州的淮海翼元帅府为江南等处分枢密院。龙凤七年（1361年）二月改各地的枢密分院为中书分省，三月改行江南等处行枢密院为大都督府。

行枢密院作为枢密院的派出机构，其职官体系未载于《金史·官制志》，仅散见于记事中。行枢密院长官多由其他军事长官兼领，品级、俸禄依其本职，史籍可考的枢密院职官主要有：行枢密院事、权签枢密院事、权同签枢密院事、行枢密院都事、行枢密院经历官和行枢密院参议官。

蒙元时期，枢密院官职名称借鉴了宋朝与金国枢密院的官职称呼，略有所改，其中包括：枢密使、枢密副使、知枢密院事，同知枢密院事，同佥书枢密院事。