蛋白质科学国家实验室是依托中国科学院生物物理研究所筹建的国家实验室。

我国近年来非常重视蛋白质科学的研究，不断加大科研经费投入，除了国家制定的中长期科学发展规划有具体的描述，科技部也部署了蛋白质研究计划。

党中央国务院对蛋白质科学研究和国家实验室建设的高度重视，充分体现了蛋白质科学研究和国家实验室建设在引领未来科学技术发展、实现重点跨越式发展、建设创新型国家中的重要战略地位和重要战略意义。

与国家的相关研究计划呼应并衔接，2004年3月，中科院也迅速启动了蛋白质科学研究平台建设。第一期的研究平台建设各项总投入在8000万元以上。

2006年1月，国务院颁布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要》（2006－2020年），对我国今后十五年的科技工作做出了总体部署。

蛋白质研究被列为今后15年全国重点部署的四项重大科学研究计划之一，同时，国家实验室建设被列为科技基础条件平台建设的重点。

2006年7月，香山科学会议召开。这个主题为“蛋白质研究”的学术讨论会，中科院生物物理所既是始作俑者，也是最大的受益者———讨论会深入分析了国内外蛋白质科学的发展态势和最新进展，研讨了我国蛋白质研究领域的实施战略。

2006年12月，科技部召开国家实验室工作通气会，通报了近期启动的10个国家实验室筹建试点，结合国家未来十年科学发展战略，以及中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究的优势，明确依托中国科学院生物物理研究所筹建蛋白质科学国家实验室。蛋白质科学国家实验室正在积极筹建中。

2007年4月，中科院召开结构生物学战略研讨会，同样是为生物物理所进一步明确国家实验室的筹建目标、凝练研究方向搭台：来自海内外的近40位知名专家参会，围绕中国结构生物学的发展现状和发展战略进行了深入的研讨，而且通过构建结构生物学海外团队以及与海外学者商谈回国工作意向，实质性推进了实验室高层次人才引进的进程。