蛋白质磷酸酶是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。蛋白质磷酸酶的作用和蛋白激酶相反。根据脱磷酸化的氨基酸残基的不同，蛋白质磷酸酶也分成蛋白酪氨酸磷酸酶(PTP，PTPase)和丝氨酸/苏氨酸磷酸酶。

参与淋巴细胞激活的蛋白质磷酸酶主要有:①CD45:该分子胞内段的两个结构域发挥PTP的作用，因而CD45属于受体型蛋白酪氨酸磷酸酶，在对抗瓢kPTK的作用和启动淋巴细胞信号转导中发挥关键作用;②钙调磷酸酶属丝/苏氨酸磷酸酶，其底物是转录因子NF-AT分子已发生磷酸化的丝氨酸和苏氨酸残基。在钙调磷酸酶的作用下，NF-ATp因脱去磷酸根(p)而激活，成为活化的转录因子NF-AT。