蛋白质分子运动（motion of protein molecule）是2018年公布的生物物理学名词。

蛋白质分子以被动或主动方式跨越细胞质膜和内膜的转运、在膜上的旋转和扩散、在细胞内沿微丝微管移动的总称。被动运动是由于蛋白质分子在细胞内外和膜内浓度的不同引起的扩散；主动运动则是蛋白质分子通过水解ATP提供能量逆浓度梯度的运动，如蛋白质分子在信号转导通路上被蛋白激酶或磷酸酶磷酸化或去磷酸化引起的与其他蛋白质的结合或解离，肌球蛋白沿微丝和驱动蛋白沿微管的定向移动。

《生物物理学名词》第二版。