珊瑚虫要不断大量繁殖、分泌石灰质骨骼，就要有充足的动物性食物。但是珊瑚虫生活的
热带浅海水域中，
浮游植物的生物总量不大，这就大大限制了浮游动物的生物量。珊瑚虫单单依靠捕食浮游动物，是不能维持它们的正常发育并繁衍后代的。它的营养来源自虫黄藻发现以来，才找到了科学的答案。
迅速生长发育的造礁珊瑚虫需要大量的O2，一部分从海水摄取，另一部分则靠虫黄藻提供。虫黄藻依赖阳光进行
光合作用，它从珊瑚虫那里获得光合作用必需的CO2和N、P等，这些都是珊瑚虫的代谢产物，珊瑚虫则靠虫黄藻补充O2和
碳水化合物；加速骨骼的生长。它们之间这种互惠的关系已较早被人们的研究所证实。但虫黄藻作为珊瑚虫的营养源到70年代才得以证实。虫黄藻本身并不能为珊瑚虫直接吸收，但虫黄藻在光合作用时合成的
有机物，能分泌到细胞外供珊瑚虫营养。这种有机物是以甘油和三甘油酯的形式存在，很容易被珊瑚虫吸收。这个研究成果，对珊瑚礁海域的能量转换，生态平衡给予科学的解释。
虫黄藻是在本世纪40年代由
日本生物学家发现的。在珊瑚虫的内胚层细胞内观察到了很多褐色小球，在有光的条件下能进行
光合作用，并能自身进行分裂繁殖，被定名为虫黄藻，属于涡鞭毛藻的一种。这个发现很长时间未被接受，直到50年代末，由于许多生物学家相继成功地把虫黄藻从珊瑚虫体内分离出来，虫黄藻的发现才被正式确认。而且经研究发现，所有的
造礁珊瑚虫都与虫黄藻共生，而非造礁珊瑚虫是没有的，可见虫黄藻在珊瑚礁建造中的作用并非一般。
还有一种现象也是由于虫黄藻的作用而发生的。不论是树枝状、平展状、花瓣状等各种不同类型的珊瑚，都象植物一样向着见光的面向上向周围扩展，光照越好的部位发育得越好，相反则是水平扩展的珊瑚种类，其背光的一面即使有充裕的空间，珊瑚虫也不向这方向发育，它们只沿着见光的方向扩展，这都是由于虫黄藻在有光条件下光合作用进行得充分的原因。
虫黄藻不仅供给珊瑚虫O2和营养物，而且与珊瑚虫的石灰质骨骼的形成密切相关。有人作过这样的实验：将虫黄藻从珊瑚虫的身体内全部分离出来，并在人工条件下供给珊瑚虫O2，结果珊瑚虫虽然能活下来，但其骨骼得不到正常的发育。其原因是珊瑚虫在代谢过程中排出的大量
碳酸气（CO2）妨碍着骨骼的增长，虫黄藻却有迅速解除CO2的功能，从而促进珊瑚骨骼的形成。更为奥妙的是，生物学家对虫黄藻直接参与珊瑚虫造骨的报道。虫黄藻在代谢过程中也排出CO2，它以CO32-的形式存在，并与Ca++合成珊瑚的骨骼。钙化作用是在珊瑚虫外胚层中进行。来自消化循环腔内水中的Ca++与CO2结合生成CaCO3，它在高尔基扁囊内，然后分泌到体外，逐渐形成骨骼。骨骼通常粘结在石灰质基岩上，随着珊瑚虫个体的迅速繁殖，骨骼也堆积得越来越多，相互粘连，不断地水平向外，又垂直向上扩大范围，形成骨骼再加上沉积物，便产生各种
珊瑚礁。如
鹿角珊瑚、
石芝、
脑珊瑚、蚓珊瑚等。
珊瑚的垂直分布也是由于虫黄藻在珊瑚虫体内存在的缘故而决定的。所有造礁珊瑚的垂直分布仅限于深80m以内的浅海，作为植物的虫黄藻只有在见光的条件下才能进行光合作用，释放O2，制造有机物为造礁珊瑚提供O2和营养。但水深超过了80m，光线很弱，虫黄藻在这种深度下光合作用太微弱或者根本不能进行，珊瑚虫在这种条件下也就停止发育，有的也就是勉强维持生命而已。所以只有在阳光充足的浅海水域，尤其是在10～20m水深度光合作用强烈，珊瑚才得以充分的发育，加速珊瑚骨胳的形成，从而造就出珊瑚礁。