新车站秉承“绿色、环保、智能化”的设计建设理念，设置了站前广场、售票厅、候车大厅、到站服务厅、旅游集散中心及地下停车场等功能区，整体实现人工与信息化系统的配合。站内配套多项先进设施和科技装备，售票窗口由原来的3个增至7个，并安装了内外两套显示屏装置，方便旅客查看核对购票信息。候车大厅、万方货物托运处各设置1部安检仪，对进站物品进行全面安检；候车大厅内设立VIP候车室和母婴候车室，为特殊旅客提供最优服务。检票口由原来的12个增至24个，对应24个发车位，候车座椅由原来的60个增至300个，最大限度地方便旅客候车；在每个检票口均安装检票机和语音系统，近期将按需配备自助检票机，配合网上购票，可实现旅客购票、检票的全程自助服务。检票口上方安装信息发布显示屏，用于发车线路检票信息提示。
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为保障交通秩序、避免安全事故，依据我市交通发展规划，道路运输管理部门在深入调研的基础上，制定了客运班线城区内运行线路，自8月26日5时起，所有客运班线禁止在规划线路以外的中心城区上下客，按以下规定路线行驶：县际以上长途班车（不含雁鹏快车）经由新206国道直接进出新汽车站。县内（含雁鹏快车）农村客运班车进城线路分城东、城西、城南三条线路，其中，城东进出城路线为：汽车东站——鑫蚨恒通驾校——交警大队——新汽车站；出城反之。城西进出城路线为：海军烧伤医院——原拔萃路口——蓬建集团——新汽车站；出城反之。城南进出城路线为：蓬建集团——东市场——交警大队——新汽车站；出城反之。沿途设农村客运班线城郊换乘点：汽车东站、鑫蚨恒通驾校、交警大队、海军烧伤医院、原拔萃路口、蓬建集团、东市场、新汽车站。
蓬莱市所有城乡班线、县际班线以上线路的客运车辆（含过境客运车辆）一律在新站始发，并按规定行驶路线行驶。农村客运班线将采取统一微机售检票。为保障交通秩序、避免安全事故，规划线路以外的中心城区禁止上下客，为方便城区内旅客乘车，公交公司优化调整了1路、4路、5路、7路公交车直达新汽车站，旅客也可在蓬长客港、八仙雕塑、三仙山、欧乐堡四个公交直达专线接驳点乘车至新汽车站。需乘坐农村客运班车的旅客可在汽车东站、鑫蚨恒通驾校（交通驾校）、交警大队、海军烧伤医院、原拔萃路口、蓬建集团、东市场和新汽车站就近选乘出行。