蓝球藻呈细胞球形、半球形。一般由2、4、8、16或更多细胞（很少超过64或128个细胞）所组成的群体，单个的较少见。每个细胞内含有均匀的或作不规则的小颗粒体。假空泡或有或无。
简介
蓝球藻的细胞呈球形或半球形，漂浮水中，通常蓝绿色，在光线不足的地方呈紫红色。细胞壁分为两层：内层是由纤维素构成的；外层是由果胶质构成的。果胶质常形成厚厚的胶鞘，起保护作用，用来抵抗不良的环境。细胞内部没有成形的细胞核。
细胞的色素区的色彩白灰色以至淡蓝绿色、蓝绿色、橄榄绿色、橙黄或蓝紫色等。每个细胞外都被有质地均匀、具有层理的个体衣鞘，借此与群体中的各细胞相互分开；群体的胶质衣鞘较厚，均匀或有层理，坚固或因含多量水分而柔弱透明。细胞分裂面有三个。在群体中的有些细胞，有时两细胞的相贴靠处大多平直呈现棱角，因此细胞往往呈半球形。常见的种类有
湖沼色球藻、
束缚色球藻、
小形色球藻和
微小色球藻。
形态特征
植物体为单细胞或由两个以上的细胞组成的群体。细胞球形或半球形，细胞壁有两层，内层为纤维质膜，外层为果胶质鞘；没有真正的细胞核，仅有相当于细胞核的中心质部；无色素体，色素分散在细胞质中，因此称为“色质”；色质呈淡蓝绿色、黄色、红色或蓝紫色，并含有小的颗粒体。
分布
蓝球藻属分布很广，在池塘、河沟、泉水及湿地上都能采到。
生长习性
蓝球藻能够适应不同的温度，具有耐热的特性。它甚至在75~80°C的高温泉水里也能生活自如。它还常与菌类植物在互利的条件下发生共生现象，成为地衣。
蓝藻门
蓝藻门的主要特征如下：
1、藻体为单细胞、群体或不分枝的丝状体。细胞形状有球形、卵形、椭圆形、楔形、纤维形等。
2、植物体通常呈蓝色或蓝绿色。无色素体，色素均匀地分散在细胞的原生质内。色素成分主要为叶绿素、
胡萝卜素、叶黄素、蓝藻蓝素和蓝藻红素。
3、细胞壁分内外两层，内层为纤维素，外层为果胶质。单细胞或群体种类常具有单个或群体胶被，丝状体细胞外常有胶鞘。
4、细胞内常含有充满气体的“伪空泡”，使藻体漂浮于水面。
5、蓝藻不具有真正的细胞核，组成细胞核的物质集中在中央区，无核仁和核膜。
6、储藏物质以蓝藻淀粉为主，遇碘液呈淡红褐色。
7、所有蓝藻类都无鞭毛。