1901年（清光绪二十七年）年7月12日，生于今蓬安县河舒镇，1953年4月19日，在带领西北农学院学生赴天津芦台、汉沽外出实习的返校途中，因劳累过度，突患脑溢血，逝世于西安市西北大旅社。
蓝梦九幼小时，就读于蓬安县河舒蓝氏私立小学。这所小学虽然封建色彩很浓，但办学认真，教师负责，对学生既灌输孔孟思想，但也给学生讲“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”、“好男儿志在四方”这样的道理，学校注意开阔学生的眼界，激发学生的爱国热情。蓝梦九在蓝氏小学读书期间，就萌发了报国的思想。毕业后，苦苦要父母送他去顺庆（今南充）继续读书，由于家中经济条件不好，为了供给他读书，全家省吃俭用，还卖掉了部分田产，才读完顺庆联中。毕业后，他以第一名的成绩考入了北京大学农科，无钱缴学费，是担任农科主任的姑父周建侯（广安人）担保，才得以入学，在学校的费用，几乎就靠姑母给些私房钱和学校的津贴、师友的帮助，他一直自己干当时学生都不愿干的煮饭、洗衣等事。1926年（民国5年），终于以优异的成绩毕业于
北京农业大学。
蓝梦九毕业后，先去日本帝国大学研究农业化学三年。从日本回国后，先后在北京大学农学院、重庆大学农学院、南通农学院、四川大学农学院任教授，讲援土壤、肥料等课约7年。1934年至1937年，筹建了广西土壤调查所，担任所长。1941年至1944年，担任西北技术专科学校教授。1944年，赴英国剑桥大学研究土壤胶质化学，并到欧美各国考察农业3年。1947年从美返国，担任国民党政权农林部专门委员，并兼任中央大学农学院教授。1949年，他坚决拒绝了当局送去的去台湾的飞机票。全国刚解放，因西北农学院（今
西北农业大学）土壤农化系土壤肥料课无教授开课，他离开条件优越的南京，前往地处偏僻的陕西武功，担任西北农学院教授。
蓝梦九一生的精力，几乎全部用在了土壤化学的研究和农业人才的培养上，“他富于钻研精神，而又能以科学观点来研究学术”。在艰难困苦的年代，在担任广西土壤调查所所长时，他亲自参加调查工作，为广西的土壤调查研究开辟了先路。在任教西北技术专科学校时，他亲赴甘、青、宁诸省盐碱沙地进行土壤调查，为改造盐碱沙地提供了资料，1949年到西北农学院后，他更加注重理论联系实际，注重调查研究，决心用“先进的科学技术，结合祖国的实际来培养我们的青年一代，用以改造大自然，使土地为人民服务”。他拖着患有高血压的身子，和学生一起攀登海拔4000公尺的太白山，去印证威廉姆士关于土壤统一形成的学说，带领学生到宁夏的陶乐、平乐勘察盐碱荒地，为国营机耕农场建场解决实际问题。1953年3月22日，他又带领学生赴天津芦台、汉沽两国营农场进行生产实习。在实习中，他不仅对所有学生的实习报告，逐字逐句详细修改（直到返校上车时，才停止工作），还为两个农场建立分析室和搞施肥试验作了周密的计划。他写的调查报告，农场作为学习文件，组织干部学习。不幸，正当人民期望他“化腐朽为神奇，为改造祖国大自然”之时，竟“堕天马于西极”猝然离世了。
蓝梦九，在教学和调查研究之余，鉴于我国土壤学书籍的缺乏，他潜心著译，先后出版了《土壤肥料实验法》、《土壤调查标准》、《土壤学概要》、《土壤微生物学》、《土壤胶质化学》、《土壤物理学》等著作六种，发表了研究报告近30篇，编印发《肥料学总论》、《肥料学各论》、《土壤腐殖质学》、《土壤化学》、《大众土壤学》、《土壤生成及分类》、《土壤调查学》等讲义七种，在国外一些土壤科学论著尚未系统翻译的当时，“对祖国的农业建设和土壤肥料的教学工作，都起了重大作用”。
蓝梦九主要生活在中华民国时期，“一生豪迈”，他一直是中国共产党的朋友和同志，30年代，在四川大学任教期间，他曾担任中苏文化协会成都分会理事，接触了一些进步人士和中共党员，其侄蓝祥辉时为川大学生，亦因之而受到影响，参加了革命，在他支持下，投奔延安（1949年随军赴广东，先后任过广东省粮食厅厅长、统计局局长、肇庆专区专员、广东省政府副秘书长），在
西北农学院，他学习马列主义、毛泽东思想很认真，他曾对该院去西北大学马列主义研究班学习的青年说：“你们要努力研究马列主义，希望你们回校后能帮助我学习马列主义”。