蓝字反方向更正法处理的问题在于，有些业务会出现不正确的对应关系，如《准则》指南例10业务的处理是“固定资产”科目的借方与“治理费用”科目的贷方相对应，实际上“固定资产”科目与“治理费用”科目之间并不存在对应关系，没有对应关系的科目是不能编制会计分录的。
有些科目虽然存在对应关系，但是利用这种更正方法处理的结果可能会被误认为是本期发生的某一项业务，如《准则》指南例 5业务借记“
低值易耗品”科目，贷记“固定资产”科目，这种对应关系可能会被认为是本期将固定资产转为低值易耗品的业务，实际却是在更正本年度的会计差错。假如对应关系正确，科目也没错，只是金额多记，如提现1000元，误记为10000元，填制蓝字反方向更正凭证只能是借记“银行存款”9000元，贷记“现金”9000元，这种对应关系是将现金存入银行的业务，实际业务内容完全被曲解了。还有一些差错，比如科目没错，只是金额少计，或者科目和金额都出现错误，就没法用蓝字反方向凭证进行更正。