蒙商银行由存款保险
基金管理公司会同建设银行、
徽商银行、
内蒙古自治区财政厅、
包头市财政局，以及部分有实力的国有企业联合发起设立。该银行定位于城市商业银行，经营范围限定于内蒙古自治区内，主要服务内蒙古地区经济社会发展。
2020年4月10日，
中国人民银行金融稳定局副局长
黄晓龙介绍，包商银行改革重组平稳有序推进。按照市场化、法治化原则，拟设立一家新银行——蒙商银行，收购承接包商银行在内蒙古自治区内的全部资产、负债、业务和人员。
蒙商银行是新设立且独立于
包商银行的法人主体。蒙商银行定位为
城市商业银行，经营范围界定为
内蒙古自治区内，回归内蒙、服务内蒙经济社会发展。经营宗旨为扎根内蒙，依法稳健经营，建成资本充足、内控严密、运营安全、服务和效益良好的区域性商业银行。
2024年2月，据央行内蒙古自治区分行披露的一份行政处罚单显示，蒙商银行因未按规定履行客户身份识别义务、未按规定报送大额交易报告和可疑交易报告，被开出893.4万元罚单。