蒙古北临西伯利亚，东接中国东北，西界新疆，南与河北、山西、陜西、甘肃四省为邻，分布其间者，主要为蒙古人。宋代蒙古族建国于此，始称其地曰蒙古。历史上又以戈壁沙漠为界，分为漠北、漠南，前者即外蒙古，后者即内蒙古。

佛教正式传入蒙古，是在元宪宗蒙哥时。据《多桑蒙古史》卷二记载，蒙哥即位后，命忽必烈领治漠南汉地民户，以僧海云掌释教事。蒙哥死后，忽必烈自立为汗，尊萨迦派八思巴为国师，仿汉制，建太庙于燕京，至元三年（1266）太庙落成，命僧侣做佛事七昼夜。至元二十二年，又命八思巴等人参对勘定汉藏两种藏经，撰成《至元法宝勘同总录》。尔后，历代皇帝皆崇信西藏佛教。怏兴起，蒙古佛教一时衰弱。

明万历五年（1577），内蒙古俺答汗遣使入藏，迎请第三世达赖喇嘛巡锡蒙古，并在绥远归化城，为达赖建立一寺，此后黄教盛行于内蒙古。外蒙古传入黄教是在阿巴岱汗时，阿巴岱汗请三世达赖的大弟子大慈迈达里呼图克图，于喀尔喀图拉河旁一寺宣讲佛法，深受蒙人信仰。十六世纪起，所有的蒙古民族都已成为佛教徒。

蒙古佛教是以西藏佛教为典范，大部份的蒙古佛典皆系译自西藏佛典，仅有少数为蒙人自己的著作和注释书。《蒙古大藏经》也是采自《西藏大藏经》的《甘珠尔》或《丹珠尔》为底本。呼图克图（活佛）制度亦沿自西藏的转世思想。内蒙古的宗教领袖为章嘉呼图克图。章嘉呼图克图是在第五世达赖喇嘛时产生，常驻锡多伦、北京、五台山等地。清雍正皇帝尝就章嘉请示教义，并自谓禅之造诣得力于章嘉呼图克图。章嘉传承六代，最后一世章嘉呼图克图于1957年示寂于台北。此外，内蒙另一位活佛甘珠尔瓦呼图克图亦示寂于台北。

外蒙古的活佛领袖为哲布尊丹巴呼图克图（Rjebtsun dam-pa），相传第一世哲布尊丹巴为觉囊派大学者多罗那他的转世。第二世哲布尊丹巴尝于库伦创办札尼特高等宗教学院，僧侣云集。其后，库伦遂为外蒙古的政教中心、喇嘛的教育圣地。哲布尊丹巴传承八代，西元1921年外蒙独立，以哲布尊丹巴为元首，1924年哲布尊丹巴示寂之后，外蒙呼图克图制度乃告断绝。

1924年，外蒙古成立“蒙古人民共和国”，废除政教合一制度，禁止喇嘛参与政治活动，并规定未满十八岁者不得出家为僧。至1940年为止，大部分喇嘛被迫还俗，从事生产劳动。外蒙独立前，原有甚多佛教寺院，但现仅余首都乌兰巴托（库伦）地区的甘丹寺，其余寺院皆被改为宗教博物馆或另作他用。甘丹寺仍保留佛教学院的传统，寺内的佛学院创自1970年，为一所僧伽培训所。学生修业期限为六年，其中也有自苏俄布里雅特依波基斯基寺前来就读的留学生，授课者多为佛教的专门学者。国际性的佛教组织“亚细亚佛教和平会议”（简称ABCP）的总部，亦设于甘丹寺内。ABCP的目标虽在推展全亚细亚佛教徒的和平运动，但是，外蒙古却禁止佛教在寺院之外进行任何布教活动。

蒙古佛典即是以蒙文书写的佛教圣典之总称。蒙古族自十三世纪归依佛教以来，至现代为止，约六百年之间，除将西藏佛典及藏外佛典译为蒙文之外，且有以蒙文撰述或注释之着述。因此，蒙文佛典的数量，为数甚多。兹分三期，略述如次：

(1)第一期：在蒙古尚未有文字之前，蒙古人皆使用维吾尔文。到成吉思汗时代，始将维吾尔文改成蒙文。此维吾尔式的蒙文在阔端汗时代（1234～1251），再经萨迦班禅加以改良，乃更能准确地将蒙古音记录下来。其后元世祖忽必烈（1260～1294在位）以八思巴为国师，令其依西藏文字作成新的蒙文。及至元成宗与武宗之时，即由萨迦派僧人法光主持，以奈塘版的《藏文大藏经》为底本，并参考汉译经典而编译成《蒙文大藏经》。此一古译《蒙文大藏经》今已散佚不存。

(2)第二期：为明室所逐而回归朔北故地的蒙古族，仍持续其前代的译经事业。此时，由于宗喀巴所改革之西藏佛教甚为盛行，故于此时传入蒙古者，亦以格鲁派为主。在俺答汗（1507～1583）统治时，亦尝迎请西藏第三世喇嘛及翻译僧入蒙古。又，据蒙古史书《Erdeniin erihe》所载，1586年，阿巴岱汗尝自西藏招请黄教喇嘛翻译经典。其后，在固始汗（1582～？）治下，也有《金光明经》等经典的翻译。在1624年，林丹汗（1603～1627）治下亦曾编纂《蒙文大藏经》《甘珠尔》。

(3)第三期：清世祖（1644～1661）时，尝在北京及奉天开雕蒙文《金光明经》等经。其后，在圣祖（1661～1722）敕命下，完成《蒙文大藏经》的改译与刊行，并刊行此新刊藏经的总目录《如来大藏经总目录》一册。高宗（1736～1795）十四年（1749），在国子监的监督下，又完成《丹珠尔》二二五卷的翻译。综上所述，从顺治七年（1650）开始，至宣统三年（1911）清朝灭亡为止的二六一年间，计开版印行蒙文〈甘珠尔〉一0八卷、《丹珠尔》二二六卷、藏外二二0卷，总计五五四卷。

十九世纪时，在内蒙古地区共有一千二百多座寺院和喇嘛庙。蒙古的这一部份地区现在已划入了中华人民共和国的疆域中。当时在现今蒙古人民共和国的领土外蒙古则共有七百多座。几乎每个家庭都有一个儿子致力于宗教职业，所以僧侣界几乎占人口总数的三分之一。1900年之前，在蒙古人居住地区总共有二四三位化身喇嘛（活佛），仅在内蒙古地区就有一五七名。清帝国的政策使得他们之中那些最为权贵者都被吸引到京师北京了。这些数字足可以证明以下事实：在十九世纪时，以佛教的一支而出现的喇嘛教在蒙古地区尚占优势。对蒙古人中喇嘛教的论述与对西藏喇嘛教的论述是很相似的，因为喇嘛教在蒙古地区从思想上始终附属于西藏，后者一直忠于正统的喇嘛教。当然，蒙古喇嘛们也都撰写了一些有关神学的重要经文，但所有这一切都产生于藏传喇嘛教派的教理结构内部，并不代表一种特殊神学发展。

但是，在喇嘛教与蒙古人古代宗教观念相接触之后，很快又导致了一种新的发展︰由于某些古老形式被写进了主要是蒙古语的经文中，所以它们逐渐被吸收、改造和系统化了。图齐先生（中略）认为“当佛教占优势时，这些原有的神灵也不会消失，其中有一些作为贵族们的先祖而存在……其余则变作佛教之神，经过一场圆满的改宗之后，它们又负担起了保护寺庙或保证誓愿圣性的职责……。”

在有关用当地神祇来扩大喇嘛教万神殿的问题上，图齐先生指出：“事实上，地神和龙始终是对新参加者开放的。一旦当喇嘛教与新居民有所接触，熟悉了其宗教历史并试与自己的观念相结合时，便会经常增加新的成份：一些非佛教的信仰便以这种方式而获得正统的特征……。”

喇嘛教与蒙古人信仰的古老形式之结合、从其中获得的影响以及由于在喇嘛教对民间宗教施加影响的压力之后而得到的发展，所有这一切便形成了蒙古人宗教史的特殊方面。

蒙古人与吐蕃喇嘛教的最早接触是政治性的，这种接触是通过蒙古军队进入吐蕃毗邻领土而实现的。1247年，蒙古王子阔端在参加了藉蒙古贵由皇帝登基之机而举行的一次大型辩论会后返回时，会见了吐蕃教团的一位王子萨迦班智达。萨迦班智达也利用这一天赐良机而向他传授了佛教教理。首次在蒙古出现的来自吐蕃的喇嘛教僧侣都是萨迦派信徒，他们与宁玛派未经改革的古旧派密宗相接近。这些人在蒙古人宫廷中首次出现的原因并不主要是蒙古人的宗教需要，而是由于忽必烈希望在其身旁有一位萨迦派的代表，以表示对吐蕃的友好态度，因为当时萨迦派统治着吐蕃。萨迦班智达的侄子八思巴也作为人质而到达元朝宫廷。由于他善于诱导统治阶层对其宗教的兴趣，于是便通过忽必烈及其皇后察必的提议，终于导致了至少是整个元朝宫廷和统治阶层的皈依，实现了被册封为“帝师”和“国师”的目的。

从八思巴（1235～1280）开始，萨迦派的一些成员始终是中国元朝皇帝的宗教顾问。八思巴主要是对忽必烈皇帝在国家、教团与国家的关系，以及皇帝本人的观点上施加了影响。从思想和宗教的观点来看，蒙古人第一次皈依喇嘛教的发展并不太深入。除了政令和政治上的进谏之外，这次皈依是以由吐蕃僧侣们所实行的藏医的影响和密教巫术的强有力的效果而开始的，藏医在蒙古人中所取得的效果比萨满们为身体健康而作的祈祷有效得多。马可波罗曾介绍说，蒙古皇帝忽必烈宫廷中的红帽派僧侣们有时在巫术技巧方面进行竞争。一直到十四世纪初（包括这段时间在内），他们始终在这块领土上与宫廷萨满们竞争。

在这第一次喇嘛教皈依期间，于蒙古人中又传播开了一种信仰和崇拜各种神的可怕表现形式的热潮，如崇拜粗暴易怒的和被火焰所包围的大神王，这是天王的一种喇嘛教形式；此外还崇拜守护神大悲空智金刚。这些喇嘛教的神特别符合蒙古人的政治热情和他们热衷于黩武的本性。他们对神魔的信仰超过了对蒙古地方神的崇拜，其仪轨中包括有可怕的祭祀仪式。在元朝统治中国的最后几十年中，密教对蒙古宫廷有巨大影响。蒙古人并不会玄妙地理解两性交合，这一点在其教的仪轨书中就有记载，坚持这种仪轨的静修者在思想上应该具有神与其女伴之间交合的经验。不仅仅是一些汉籍史料，而且包括一些蒙文史料描述过狂欢活动，在宫廷中举行这类狂欢活动是由于以世俗的观点错误地解释教理而造成的结果，正如蒙古统治阶层的堕落也于同时发生一样，这也是导致中国元帝国崩溃（1368年）的主要原因之一。但广大蒙古大众则没有受到这一次喇嘛教皈依的影响。在最后几位蒙古君主统治年间，喇嘛教经文的某些章卷已经译成了蒙文，蒙古人甚至还建立了一些喇嘛庙。但有些蒙古家庭部分地皈依了基督教。一直到中国元帝国崩溃（1368年）之后，萨满教仍然为蒙古人中最典型的和最流行的宗教，并且占据了遥遥领先的地位。除了某些被误解了和衰退了的习惯（它们已经发展成了迷信）以及在北蒙古领土上的某些已被遗忘的喇嘛庙之外，蒙古人中的有关十三世纪第一次与喇嘛教接触而造成的影响已经所剩无几。

喇嘛教第二次向蒙古方向扩张，最早绝对不是以吐蕃喇嘛教团向蒙古发展的坚强意志为基础的。蒙古人这次皈依喇嘛教仅仅是从中国内地开始的，甚至是从中国明代开始的。在元朝政权的统治下，中国中原地区的吐蕃喇嘛教徒及其寺庙的数量很大，喇嘛在那里获得了特权地位。1368年，蒙古人从中国中原地区逃了出来，元帝国统治的垮台同时也使喇嘛教徒们丧失了自己的影响，但并没有彻底被从中国中原地区驱逐出去。所以在十四世纪时出现了一种奇怪的局面，中国中原地区的喇嘛教在此前后非常发达，而在蒙古人内部，喇嘛教已经完全被人遗忘了。到了1431年左右，在中国还曾出版了一批有关密教经文和陀罗尼经的合集本，其中绘有附有四种语言的神像，起源于元代。唯有在明英宗和世宗皇帝（后者特别热衷于道教）统治时代，反对佛教和喇嘛教的活动才在十六世纪前半叶消灭了中国北方的喇嘛教。因此，在这次抑佛高潮中，一些西藏僧侣便逃到蒙古人中避难。史料中第一次暗示喇嘛僧侣到达汉蒙走廊地区的蒙古人中的记载出现于1547年。额鲁特和瓦剌等西蒙古部族肯定也是从这个时代起就已经牢固地受到了喇嘛教的统治。因为东蒙古人中的喇嘛教的传播者内济托音于1557年诞生于土尔扈特西蒙古的一个王公家庭，他在弃绝世俗生活和成为喇嘛教僧侣的活动中实现了自己的最高目的。

土默特部的王公阿勒坦汗在青海湖地区所发动的军事行动使他与吐蕃喇嘛有了更多的接触，由此而又出现了蒙古人中新的传教活动的高潮。

成吉思汗的第二十五代子孙阿勒坦汗诞生于1506年，他曾邀请黄教派，也就是改革派宗喀巴的祖师索南嘉错（后来被称为达赖喇嘛）前往蒙古地区谒见他。同时，阿勒坦汗又要求推荐一位来自汉地的吐蕃僧侣和寄一些来自北京的藏文佛经。汉人满足了他的希望，因为具有远见卓识的边陲地区的总兵王崇古洞察到了用使蒙古人皈依佛门的方法来安抚他们的可能性。但吐蕃人故意让人多次请求，达赖喇嘛于1576年启程前往会见阿勒坦汗。他与阿勒坦的会晤导致了土默特部和鄂尔多斯蒙古部的大量皈依。这些人于同一时代又采纳了一系列的新法律，以确保在蒙古人中传播喇嘛教，同时又故意阻碍从此之后再推行萨满教。据蒙古文史着记载，当时所产生的法律的要点基本如下︰截至那时为止一直实行的用处死的女子、奴隶和活牲畜进行殉葬的制度已经废禁。另外，当时还禁止用杀人和屠宰牲畜来进行年祭、月祭和临时需要的祭祀。总而言之，一切血祭均被禁废。他们当时再也不允许拥有翁■，下令全部焚毁。取而代之的是一些七臂大神王的像，这是喇嘛教中的守护神，在每个蒙古包中都受到供奉。这些诏令宣布于土默特部和东蒙古人中必须执行，阿勒坦汗自从1577年开始统治土默特部，而东蒙古当时则由扎萨克图汗（1558～1582）所统治。这些诏令在南蒙古部族中也很快就得到了批准，他们在数十年间一直把喇嘛教作为自己宗教生活的重要组成部分。

阿勒坦汗最早信仰的是当时未开化部族的迷信，完全如同该时代的其他人一样，人们曾述说他在皈依喇嘛教之前，为了医好自己的风湿病痛而使用了古老的蒙古族医疗法，即把脚伸进一个已剖开的活人胸膛中去，但他使喇嘛教在数年间于自己的管辖疆域内得到了蓬勃的发展。他又令人在他的京城呼和浩特及其附近地区建立了第一批喇嘛庙。在数年之间，呼和浩特（归化城）就变成了喇嘛教的大本营。在该城附近的一些山区，又集中了许多静修的苦行者、隐修士及其弟子和信徒。当时还从藏文把许多佛经译作蒙文。到1578年左右，阿勒坦汗的一位孙子命人翻译了《金光明经》，这是喇嘛教的一部基本经文。最早的译文是根据十四和十五世纪所实行的古老习惯而写在削光的苹果树木简中，这些木简要用两条细绳穿起来装订在一起。

新教理迅速地征服了鄂尔多斯蒙古王公，很快就向蒙古北部更为遥远的地方传去。即使是在此情况下，积极提倡该宗教的作法也并不是来自于喇嘛教僧侣，而是来自喀尔喀部的阿巴岱汗，他从中发现了其政治威望的增长。当达赖喇嘛前去蒙古地区旅行时，阿巴岱汗曾去拜见过他。“达赖喇嘛利用大神王的曼答辣而烧毁了可汗的所有偶像，下令修建喇嘛庙”。以上就是蒙古传说中有关这一问题的述说。

阿巴岱汗与第三世达赖喇嘛的会见标志着改革派喇嘛教传播的开始，这里也就是指以宗喀巴在北蒙古人地区所布讲的那种形式而出现的喇嘛教。阿巴岱汗命人为达赖喇嘛于1586年送给他的佛像修建了额尔德尼昭寺。在此情况下，同时也出现了对萨满教信仰古代形式的禁废。为了给该喇嘛庙祝圣，达赖喇嘛便派遣萨迦罗藏赞卜喇嘛作为他私人的代表前往。后者要求阿巴岱汗和喀尔喀人实行于数年前在察哈尔部、土默特部和鄂尔多斯部中已经有关喇嘛教的同样的诏令和禁令，但在这一地区，一些未改革教派（萨迦派、噶玛派、宁玛派和觉囊派）的寺庙从元代起就一直维持下来了。一般来说，由阿勒坦汗开始的这个时代的皈依触及到了东蒙古和北蒙古地区，在其发展的第一阶段就远不是已改革派的黄教之特有现象。与未经改革的教派宁玛派相似的萨迦派在其教理建设中大幅度地参与了蒙古人的精神和宗教生活，一直到喀尔喀部的王公土门汗最终决定支持黄教为止，满族人于1634年之后曾向他表示了自己的支持。但已改革的黄教在许多地区也只能是慢慢地和艰难地取胜。

1586年，达赖喇嘛应喀喇沁人的邀请再次赴蒙古人地区，因为该部受到了从阿勒坦汗领地开始传播的喇嘛教的感化。这次出行成了一次胜利进军，该部领地沿元代的古夏都、多伦附近的开平方向一直延伸到张家口的东北，甚至是更远的地方。与他同行的有一大批吐蕃和蒙古喇嘛，他们也定居在喀喇沁人的王廷，并且使该王廷成为喇嘛教重点发展的另一个中心。达赖喇嘛不仅命令这些僧侣们由藏文翻译各种经文，另外从长远的翻译工作着眼考虑，命令编纂有关文字拚写法的基本教科书《阿哩嘎里》和类似的语法书。一位蒙古译师阿玉喜固锡于1587年末完成了这批著作。他创办了一所译师学堂，在此后数年中一直有大批蒙古族僧侣和世俗贵族们进入该学堂。正是阿玉喜固锡的这些学生在以后的数十年中把许多喇嘛教经文由藏文译成蒙文，一直维持到十六和十七世纪的转折阶段。

当三世达赖喇嘛于1587年圆寂时，世人已经承认西藏为喇嘛教的发祥地，它对蒙古人的这次皈依具有重大意义。因此，在三世达赖喇嘛圆寂数周之后，即从1588年元月起，四世达赖喇嘛以一位蒙古王公的儿子须弥岱青珲台吉的名字而出现。当时立即把这位新出生的整个喇嘛教界的首领带到了阿勒坦汗的首府呼和浩特，以对他进行思想教育。这一事实值得考虑，我们可以由此而得出结论，认为刚刚设置数年的此城当时就已经变成了喇嘛教信仰的中心。在阿勒坦汗的儿子和孙子们的庇护下和巨大财富的资助下，此地又兴建了大批喇嘛庙。那里的译经活动也非常活跃。许多寺院学校又培养了一些正处于修习阶段的沙弥。在这种新入教者之中就包括内济托音（1557～1653），他原来是土尔扈特部的一位贵族，自愿离开了父母、君权和家庭而前往呼和浩特城接受神学教育。在当时的一位著名译经师固锡法王的主持下，把许多最为重要的藏文喇嘛教经文译制成蒙文，如《米拉日巴传》，同时翻译的还有大乘佛教的一些印度梵文经文，如《正法华经》和其他许多经文。这就清楚地说明了归化城（呼和浩特）作为已开始波及整个蒙古的新宗教高潮之宗教中心的重要性。当时该地区最高的宗教领袖是洞阔尔呼图克图。

那些已皈依了喇嘛教的蒙古王公们命令大批青年贵族遁入佛门集团，俺答汗于1578年藉他与三世达赖喇嘛的首次会见之机会，曾诏令“一百多名贵族，甚至是王公遁入僧侣界”。西蒙古瓦剌四部的王公们在1599年之前就批准了如下制度：每位王公和贵族都要选择一个儿子为僧侣。人们很难否认那种认为部分皈依形成了官方活动的印象。当时已经达到了那种使王公们的许多儿子和青年贵族都受皈依而进入佛教界的程度，他们主要是深造于西藏的扎什伦布寺，那里是喇嘛教的第二位宗教领袖班禅喇嘛的居住地。

到了十六世纪末和十七世纪初，南蒙古诸部完全向喇嘛教开放了。在那里建筑了许多喇嘛庙，在其中设置了大量奠基的和纪念性的碑文，文中认为阿勒坦汗为佛法的推动者。从位于永谢布部领土上的鄂伦苏木一座窣堵波废墟中发掘的许多抄本中，发现了1594年的碑文，所以我们才可以确定其时间，它们说明为当地贵族驱魔的祈祷愿文，甚至还包括一些基本经文，诸如《金刚般若波罗密多经》之类，当时已经在蒙古语中使用了。

在这个时代，喇嘛教在一定范围内仍继续向东传播。

察哈尔部蒙古人早在阿勒坦汗生前就已经与喇嘛教有所接触了，而在这个时代则完全被喇嘛教所同化。在十六世纪下半叶，他们把自己的统治地盘推向了更靠东部的地方。与阿勒坦汗同时代的达赉逊从明代的宣化府边境地区（元代夏都开平附近）一直到达辽河。小库伦地域（位于今之库伦旗境内）成了在其统治之下的新领地。从这一地界开始，直到林丹汗之前的继承者们始终都试图将东方各部也置于自己的统辖之下，声称他们都是在位大汗的合法继承者。在这一地区，也就是在今之库伦部、科尔沁部和喀喇沁部蒙古人地区，林丹汗（1604～1634）还建立了其他一些喇嘛庙。萨迦派的一位僧侣沙尔巴班第达作为林丹汗的宗教顾问而被委派到了他的身边，他们从1617年起一直共同相处。从1626年起，沙尔巴呼图克图一直生活在今之巴林部领土上的白塔寺。那里矗立着辽代叫做“钦钦白塔”的一座大佛塔，林丹汗为了替自己及其姐姐纪功还命人建起了其他窣堵波，修缮了另外一批建筑，因而产生了一座新的喇嘛庙。

沙尔巴呼图克图是未改革派的喇嘛教系统的信徒，他命人把许多喇嘛教经文译作蒙文，他本人也写了一部有关蒙古王公起源史的论着。因此，在1634年之前的一段时间内，喇嘛教在兴安岭以东的这一地区是十分兴旺发达的。但在1628至1629年之间，于林丹汗的管辖范围内实现了蒙古人中的最大的一项文化成就。在班第达睿智文殊师利贡嘎敖斯尔和某一位阿难达的主持下，一个由三十五名蒙古和西藏学者组成的译经小组从事把藏文译成蒙文的译经活动。由于其名字的相似，我们可以把阿难达考证成班第达沙尔巴，后者同样也以阿难达的名字而名垂史册，他是林丹汗的宗教顾问。更具体地说，在受皈依的初期，对从1580年以来出现的所有喇嘛教译经和元代所译的经文，又重新作了核对和整理，所缺的经文又都译了出来，蒙文大藏经一共编纂了一一三部。

就我们目前的所知状况而言，由林丹汗于察罕苏布尔哈（意为白塔）所建的喇嘛庙就是在一年期间完成这一写作任务的地点。如果我们想到在如此短暂的时间内，除了一一六一部编进大藏经中的经文之外，还有许多其他经文（主要是红教派的）和许多密教戒律经文也都译了出来；如果我们再考虑到为了这批神学——哲学文献，首先需要创造许多蒙文新概念，那么我们就会因此而得出结论，认为蒙古人在1559至1629年这七十年来于文化知识方面得到了飞速发展。这一文化高潮并不仅仅涉及到宗教经文，而且还导致记载了一些具有明显历史和古代特点的世俗文学。

1635年，喀尔喀部王公■布多尔济生了一个儿子，后者作为额尔德尼昭寺的哲布尊丹巴呼图克图而成了北蒙古教团的宗教王公。他本人在结束自己的宗教教诲之后，也如同其南蒙古的前任一样而宣布反对传播萨满教和萨满教偶像。在他的主持下，红帽派喇嘛教在喀尔喀部领土上丧失了其重要地位，喇嘛教中已改革的黄教教理却扩大了自己的势力。所以，喇嘛教在十七世纪初普遍都得到了发展。位于喀喇沁部领土上的呼和浩特、位于林丹汗辖地范围内的喇嘛庙、哲布尊丹巴呼图克图在喀尔喀领土上的大本营大库伦（今蒙古人民共和国内的乌兰巴托），上述各地均变成了僧侣和喇嘛教的神学中心，许多喇嘛由那里出发而遍游蒙古各地，作为布教者而对居民施加影响。对于蒙古人来说，宗教生活中的一个崭新时代开始了。只有在东蒙古各部，即辽东领土上的诸部和更靠东部的地区，古代宗教信仰才仍占统治地位。在东部又诞生了一个新的和强大的清朝强国，这就更促使喇嘛教最终地胜利进军和被推向顶峰。

科尔沁部蒙古人中的一位王公在十七世纪初叶曾为喇嘛教在其故乡未能广泛传播的现象提供了下列证据：“我们之中只有少数学者，任何人都不太精通经文，因为这一宗教尚未在此地广泛传播。”最早到达这里来的宗教界旅行家之一就是三世达赖喇嘛，他于1588年应科尔沁汗的邀请曾为位于科尔沁领土上的一座寺庙祝圣。但是，参加新宗教一举首先仅仅涉及到了王公阶层，而广大民众则更为喜欢“男女萨满，所有人都崇拜翁■”。在杜尔伯特部和附近的扎赉特部中，“所谓佛教信仰尚完全不为人所知”。从南部的翁牛特部一直到北部的嫩江，十七世纪初在整个东蒙古领土上占统治地位的仍是萨满教。出自西蒙古一个王公家庭的和尚——格鲁派的内济托音（1557～1653）及其弟子们在1629至1653年间的布教活动也使生活在该地区的蒙古人接受了佛教的皈依，在一个相当长的时间内镇压了萨满教，迫使后者自我掩饰起来或被迫作了转变。“在科尔沁十旗之地，老圣者喇嘛尊前首先引入了宗喀巴教理”，十八世纪的一部蒙文史料就是这样来赞扬布教成就的。1644年开国的大清王朝也决定利用北部和西部已平定的边陲地区来确保对整个中国的统治，这一决定使喇嘛教得到了国家的赞助。在最后一位蒙古大汗林丹汗（1604～1634）失败和薨逝之后，满族君主不仅欢迎这位大汗的继任者们对在整个蒙古领土上合法权利的要求，而且他们自己也夺得了对喇嘛教的“保护权”。这一发展过程是以在沈阳修建大黄寺而开始的，修建该寺庙的目的是为了保存自林丹汗疆域中运来的一尊元代大神王的塑像。

满族君主以修建喇嘛庙和实行财政布施的方法来支持蒙古喇嘛教。由其祖母科尔沁公主孝庄文皇后（1613～1688）所抚养成人的康熙皇帝是满清第一位对喇嘛教发生私人兴趣的皇帝。他的儿子雍正（1723～1735年执政）及其孙子乾隆（1736～1795年执政）皇帝继承了这一传统，其中的政治灵活性与对宗教的真实虔诚结合起来了。在这一阶段，蒙文译经活动也非常发达。一共有二三0部佛经由藏文译作蒙文，在满族王公们的支持下还编写了大量蒙文神学著作，这项事业在更大程度上又得到了蒙古王公们的赞助。这些经文在北京木刻印刷，然后在蒙古人中流传。在1718至1720年间，康熙皇帝又降旨刊布佛教大藏经《甘珠尔》的蒙译文，这是在林丹汗时代编写的，然后又在蒙古人中广为流传。在乾隆皇帝临朝年间，人们又借助于更为古老的译文（如元代的译文）而翻译了《甘珠尔》的通经疏义文大合集本《丹珠尔》，共计二二六卷之巨，然后刊印发行（1742～1749）。

在帝国政府的资助下，当时又营建了大量蒙古喇嘛庙，由于政府的资助而又使他们具有了一种特殊地位。对蒙古各领土的平定部份是经过流血斗争的，将所有蒙古领土都置于清帝国的统治之下的大业，是以1756年最终消灭西蒙古的分裂主义分子阿睦尔撒纳之后告成的，这场斗争的每一个特殊阶段都以清帝国政府建立寺庙和喇嘛庙为标志。除此之外还应补充以由虔诚的贵族们建立或提供布施的大批寺庙。

在满清君主实行亲喇嘛教政策伊始，他们便努力由北京开始而控制蒙古喇嘛教教团，尽管教团在神学观点上与西藏及其喇嘛教具有非常明确的联系。在内蒙古地区，喇嘛教以章嘉呼图克图的名字称呼自己的首领，而在外蒙古则把哲布尊丹巴呼图克图本人看作是喇嘛教的首领，康熙皇帝在北京选择阿旺罗藏错丹（1642～1714）为一世章嘉呼图克图，为了使他胜任这一职务而作了长期培养。他的化身，特别是乳贝多吉（1717～1786）成了满清政府对蒙古人政策中一位关键人物。但是，为了避免把那些由具有潜在性的和始终都在增长独立倾向的支持者们组成的教团提高到王公的级别，我们发现各代章嘉呼图克图的化身都转生在西藏。在此期间，那些始终都身居显官要位的化身都由清朝皇帝从蒙古和西藏召到北京，他们肩负着神学和宗教方面的行政职责。

在十九世纪时，除了章嘉呼图克图之外，还有自从1734年以来就驻在北京的噶勒丹锡征哷呼图克图，此外还有阿嘉呼图克图、洞阔尔呼图克图、济仲、哲孟和扎巴呼图克图。既然对于一座喇嘛庙来说，一位活佛喇嘛的存在便意味着其信徒、布施和威望的大幅度增长，蒙古人活佛的数量也在经常地增加。1900年之前，在北京共有十四位，在北蒙古有十九位，在内蒙古有一五七位，在青海湖地区有三十五位。

尽管蒙古和西藏喇嘛教在行政和政治上是相分离的，清朝皇帝们也成功地向这一方向诱导，但它们在思想和神学方面仍维持着很密切的相互依赖关系。虽然许多蒙古喇嘛都为喇嘛教神学作出了实质性的贡献，但他们的经文并不是主要以蒙文所撰，而是以藏文所写，后者是喇嘛教的神学语言。蒙古神学教派没有发展对外道教理的解释。这就是根据拉萨和达赖喇嘛的教谕，蒙古民间宗教以诸说混合的形式被纳入喇嘛教的仪轨结构中，最后成了一种纯粹的地方性发展。

对于蒙古人来说，喇嘛教从十六世纪起越来越可观的发展，导致了具有决定性意义的社会和经济结构的变迁。喇嘛教团形成了经济单位，它的诞生就意味着蒙古人与古老经济制度的第一次深刻决裂。喇嘛教团的地产和财富的积累便使这些教团适应了时代的潮流，使它们与那些截至当时为止一直是财产主人贵族们处于对立状态，同时也与没有财产的贫民阶层处于对峙状态。对于其他居民来说，大部份喇嘛都代表着一种巨大的危害。虽然喇嘛教中严格的和僵硬的教条希望蒙古人的文化发展仅仅是按照它所开创的道路前进，同时也希望他们的学堂和科学设施为一定数量的蒙古人开创一条通往高级思想境界的道路。对于那些并非出自王公家庭的大量儿童来说，他们在寺院中所受到的教育仅仅意味着达到识字水平和具有写读能力。蒙古人书面文学的发展与这一事实密切相联系。十九世纪和本世纪初那些最为重要的吟游诗人和音乐家中的某些人就是在寺庙中培养出来的，或者是在进入世俗阶段之前也曾在那里深造过。若没有具有学识的僧侣喇嘛们的帮助，十七至十九世纪那种具有鲜明特点的蒙古史学便是不可设想的。藏文和印度文经文中的许多内容也通过僧侣们的译文和口头布教而传到了蒙古人中，从而丰富了他们的文章。

建筑活动和宗教艺术品创造的必要性又促进了一种手工业的发展。喇嘛教僧侣们，尤其是高级僧侣们具有特殊的社会和经济地位，这实际上本身中就孕育着蒙古喇嘛教衰落的萌芽。在十九世纪时，来自民众，甚至来自喇嘛界本身之中的一些对于僧侣们的势力和非宗教行为的抨击与日俱增。喇嘛教哲学的崇高性仅仅为个别的上人所控制，十九世纪和二十世纪初的广大僧侣都无法受到神学教育。随着大清国势的衰落，喇嘛教也开始陷入危境。人们再也无法使教理和现实之间的对立互相调和了。当一些政治势力取胜时，就导致了蒙古喇嘛教在二十世纪中叶的结束。现在在蒙古人民共和国和中国蒙古族领土上的某些尚存的喇嘛教制度，仅仅代表着一种象征性的意义。