一个在被封锁的城市中反抗“GHQ”，并在故事的基因病毒爆发的情况下，及其幕后操纵者的阻挠中为实现“日本的解放”而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织，组织的信条是“为被淘汰者献上葬歌”，游戏里提到过要不断为淘汰者奏响安魂曲，因此才叫葬仪社。
失落的圣诞节事件发生后，六本木地区成为了不属于任何国家管辖的地带，堡垒的居民不允许进入外部，也没有进行疫苗的接种。“葬仪社”为了实现反抗目标，作为地下组织隐藏在六本木堡的地下，动画第二集中GHQ对六本木地区的居民展开“净化行动”，“葬仪社”开始展开抢救居民的作战方案，在作战结束后，“葬仪社”也浮现在民众的视线当中。
动画第一集中“葬仪社”成员
楪祈为窃取罪恶王冠的“钥匙”潜入研究所，并成功偷取。但在逃离的过程中却被流弹击中，跌入了湖中，
樱满集在校舍中，与祈相遇后，祈留下了内露后自己被抓走，集无能为力。集为了达成祈托付的使命，独自前往“葬仪社”所在的六本木地区。在那里见到了“葬仪社”的年轻首领
恙神涯，正当集还来不及对这一连串的意外感到惊讶时，战斗开始了。集为了保护楪祈，冲到终极咆哮的面前，此时他的右手，而得到了可以从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质力量的能力。
但集与葬仪社在六本木活动的样子，被集校内的学生目击了。集凭著虚空形状这个线索在校园内奔走，最终找到了目击者，在危机关头祈想要杀死目击者，被集阻止，随后因目击者的背叛，集涉嫌与恐怖份子接触而被GHQ拘留。祈为救集第一次违背了涯的命令，集被救出后，“葬仪社”将集带走并说服集加入“葬仪社”，前提是集可以通过考核，经过一番训练，考核通过后集成为“葬仪社”的一员。
集到达“葬仪社”基地后，涯向大家说明了白血球的作战计划，集作为空洞基因组的持有人，成为作战计划的核心，集正式成为“葬仪社”的一员后，得知GHQ奇袭了涯所在的方向，这次袭击让“葬仪社”失去了不少伙伴。但是受伤的涯却坚持继续进行作战计划。此次作战的关键，就是集的王之能力还有城户研二的空洞，但集却拒绝参与这个会造成多人牺牲的计划。怀疑涯是否有资格当领袖的集，在听到涯的心声之後改变了主意。计划开始后，“葬仪社”一行人互相帮助，按照计划实施，在失控的白血球即将坠毁在东京时涯却主动迎上前去，此时，集听到了一个神秘声音后引出了虚空之力，成功将白血球还原。集因参与了此次事件成为了“共犯”之一。
葬仪社成功阻止修一郎复活真名的仪式后，涯要求集将重伤的自己与真名的灵魂一同刺穿，最后与真名灵魂一同消散。因为涯的死亡和病毒泄露导致的隔离，成员各散东西，其中四分仪被GHQ逮捕，月岛、大云与部分残存者被供奉院家收留，绫濑和鸫随集混入了天王洲第一高中。
在涯被复活后发现涯根本只是把他们当棋子利用而与其决裂，残存人员在集的领导下和几名干部的维持下勉强维持运作，后随集、仓知等人前往24区与涯进行最后决战，幸存人员在战后解散，回归正常生活。