万历二十年(1592年)春天,
哱拜、刘东旸占据宁夏镇城叛乱,派遣他们的党徒四出攻城略地。哱拜的儿子哱承恩攻掠玉泉营,游击傅桓拒守,被他的部下逮捕。叛军攻下中卫和广武,参将熊国臣等弃城逃跑,邻近各城皆望风而降。哱拜的将领土文秀攻下平虏城,唯独
萧如薰坚守不下。万历皇帝听说萧如薰坚守孤城抗击叛贼,大喜过望,重奖银币,提升他为副总兵,萧如薰的
妻子每天准备牛肉酒犒劳战士。哱拜的养子哱云最为骁勇,引导河套部落的著力兔急攻。萧如薰在南关设下伏兵,假装战败,引诱叛贼进入伏击圈,射死哱云,余下的叛贼逃跑,他又袭击著力兔的军营,夺得大量的人口、牲畜。著力兔气愤异常,又来进攻,被
麻贵击退,平虏城得以保全。六月,萧如薰以都督佥事任宁夏总兵官,统辖延绥、甘肃、固原各路援军。秋天,受
叶梦熊指挥,萧如薰与
李如松等共同平定叛乱,再次提升官职为都督同知,袭锦衣卫指挥佥事,妻子杨氏也被
旌表。
万历二十二年(1594年)八月,卜失兔西犯定边,闯入固原要塞,副将姜直无法抵御,卜失兔于是由沙梁破墙而入,直抵下马关,纵横内地近一个月,萧如薰抵挡不住,
叶梦熊派遣
麻贵前去支援,麻贵击退卜失兔后,萧如薰被免官,姜直下吏部受审。不久,萧如薰又以总兵官之职镇守固原。河套边寇进犯,萧如薰击退了他们。青海的边寇纠集番族进犯洮、岷,萧如薰和临洮总兵孙仁抵御,抓住、斩首共三百四十多人,招抚叛乱的番族五千人,缴获骆驼、马匹、甲仗无数。他又镇守宁夏。银定、歹成的人数次入犯,都将他们挫败。移镇蓟州。过了很久,被罢官回乡。后又恢复原官职,镇守延绥。
崇祯初年,萧如薰去世,朝廷按制度予以赏赐、抚恤,明思宗
朱由检钦赐“抗逆孤忠”,入名宦祠。
萧如薰出生于将门,哱拜之乱时于
石嘴山死守平罗城,扛住了叛军的进攻,受到万历皇帝的赏赐,其后设下伏兵,假装战败,引诱叛贼进入伏击圈大败贼军后又突袭叛军营地,为平定哱拜之乱立下了贡献,万历二十二年(1594年)八月固守边疆,为明朝边境治安作出了贡献,其死后,崇祯皇帝钦赐“抗逆孤忠”,入名宦伺,还修建庙宇专门纪念萧如薰。
自从隆庆以后,和议互市既成,边境少有警报,朝臣将边镇将领视为外府之官。山人杂流,乞得朝士书信而来的人,没有不饱其所欲。守蓟萧如薰能写诗,文人学士
趋之若鹜,宾客常常满座。妻子杨氏、继妻南氏都是贵族家的女儿,到了脱下首饰供给宾客还不能满足的地步。军中颇以为苦,萧如薰不能推辞。一时成为风气,各边镇的物力为之耗减,有识之士没有不叹息的。