战争结束后，山冈侥幸活了下来，并结识了知子（
田中裕子饰）。结婚以后，两人在鹿儿岛过着默默无闻的捕鱼生活。时光匆匆，转眼就到了20世纪80年代末。山冈的好友、一位原来的特攻队员不堪病痛折磨而自杀，消息传来，山冈非常痛苦。而此时知子也患上了癌症。山冈夫妇相互约定在有生之年去完成他们生命中的最后一个意愿——结伴奔赴韩国。
《萤火虫》是关照一群人一代人的宽银幕群体素描，以友情为主。在影片中，导演大量采用黑白影像闪回出战争时期的这几个年轻人的片段，具有明显的时代印痕。和《铁道员》一样，大量出现的高大雪山同样是《萤火虫》的独特道具，加上大海、河流、田野，众多的自然景观很好地暗喻隐衬了人物内心“暗涌”的激情和勇气。通过这样的表现手法，揭示了战争的残酷性以及人在面对战争时的无奈与抗争。