菲律宾的抗日斗争风起云涌。菲律宾当时还驻有美军，由
麦克阿瑟指挥。曾与日本展开大规模的交战(参见菲律宾战役)，但最终由于寡不敌众，菲律宾被日本占领。
美国扶植的菲律宾自治国（Commonweath of the Philipines）政府流亡至美国。日本则成立菲律宾第二共和，立
劳威尔为总统，直到
1945年日本投降。
菲律宾共产党于
1942年组织了“虎克党”（Hukbalahap，直译为抗日人民军），在此期间以游击战术对抗日本与第二共和。在大战尾声时，发生了
马尼拉大屠杀。抗日战争胜利后，菲律宾建立了纪念碑来纪念菲律宾抗日牺牲的烈士。
抗日战争对菲律宾政治发展有数个影响。菲律宾预定的独立被延后到1946年。曾与日本合作的某些政治人物如劳威尔、罗哈斯等受到赦免，继续担任要职。后继的几位总统如季里诺、麦格塞塞、马可仕都曾从军抗日。虎克党在二次大战结束后持续活动，在
1954年被总统麦格塞塞击败后，又于1969年重整为新人民军。菲律宾民间对日本的抗拒态度虽随时间减弱，至今仍继续某些议题。