菌落杂交，是因为生长在培养基平板上的菌落或噬菌斑按照其原来的位置不变地转移到滤膜上，并在原位发生溶菌以及DNA 变性和杂交作用。这种方法对于从成千上万的菌落或噬菌斑中鉴定出含有重组体分子的菌落或噬菌斑具有特殊的实用价值。

即菌落杂交法colony hybridization method ，以质粒为载体进行DNA克隆繁殖所用的方法，即从多数寄主菌的菌落中，将含特定的碱基排列顺序的DNA，通过与其碱基排列顺序互补的RNA或DNA杂交而进行检出和选择的方法。一般是使在琼胶培养基上形成含有质粒的菌落后，在其上面压附一层硝酸纤维素薄膜，将菌落移于薄膜上。用碱处理同时引起溶菌和DNA变性后，在薄膜上各个群落的位置上分别将变性的DNA固定起来，然后与用放射性同位素标记的特定的RNA或DNA片断杂交，再用放射自显影法来鉴别含有所希望的DNA排列顺序的寄主菌的菌落，最后从原来的琼胶培养基上的菌落中选出其相应的材料。