菌丝相互交织成网状、羊毛状，或是纷杂缠绕在一起形成很多空隙的垫状组织。仅在其内部或表面形成子实体时使用此词。当发展至组织更致密，表层也同内部组织不相同的阶段时，即称为子座（或基座），但菌丝层和子座（如子囊菌纲的内座菌属及其亲缘属）只不过是组织和表层部分的发达程度不同而已。

菌丝层 subiculum