国立核能研究大学-莫斯科工程物理学院的历史可以追溯到第二次世界大战的中期。它最初是莫斯科机械弹药研究所。最初的章程是为刚刚开始发展的核工业培训人员。苏联核项目负责人
库尔恰托夫院士是大学的奠基人之一。
20世纪60年代,MEPhl成为俄罗斯领先的高等教育机构,为和平利用核能提供教育和培训。在其历史上,有六位诺贝尔奖获得者在MEPhl工作过,其中包括:MEPHI毕业生
尼古拉·巴索夫、
安德烈·萨哈罗夫、
尼古拉·谢苗诺夫、
伊戈尔·塔姆、
伊利亚·弗兰克和
帕维尔·切伦科夫。
2009年,新一轮的大学发展浪潮开始,MEPhl成为俄罗斯政府承认为国立大学仅有的两所学校之一。同年,MEPhl更名为National Research Nuclear University MEPhI(Moscow Engineering Physics Institute)。
2013年7月,MEPhl入围政府竞争力提升计划(即“5 into 100” competition)。该计划的目标是推动15所入选的大学中的5所跻身全球前100名。