民国初期，这块风水宝地，被
北洋军阀政府大总统
曹锟看中。他兴师动众，在药师寺的废墟上，建起了既能避暑、又能避难的行宫别墅。1939年，一架侵华日军的飞机在涞沥水村西的紫金岭撞毁。日军误以为我八路军击落。半月后，日军窜入村内，一把火，把曹锟的别墅化为灰烬。从此，涞沥水村的“药师寺”、“曹锟别墅”，这两处值得后人涉足的佛寺、人文景观全都消失了。
改革开放后，涞沥水村的村民，从1995年动工，历时三年，恢复建设了历尽沧桑的药师寺。后来被北京市政府批准为宗教活动场所。并以全新的面貌，接应八方信众，为弘扬我国博大精深的
佛教文化做贡献。
药师寺寺院座北朝南，依山就势，自下而上建有牌坊、石阶、天王殿、大雄宝殿、药师殿、大悲阁等。建筑雕梁画栋，精雅紧凑，建筑面积约600平方米。药师塔位于寺院西侧，是根据原塔造型在旧址上重建的。在寺庙西侧山坡上，现存两座观音洞，内供观音菩萨圣像。人们可经南北两路直达观音洞。
药师寺地处青山环抱之中，是礼佛修行的理想去处，如能在殿前席地而坐，远眺碧空白云，近观青山连绵，细品茗茶之中，交流修禅心得，定会惊奇地发现，以往的疲惫和烦恼早已在这满目翠色，茶香四溢的浸泡中淡淡逝去。一位外地行者来药师寺参禅后留下了“叠翠环溪隐，虚云步顶峰，谁人寻古道，苍松试禅心”的优美诗句。