病原在有性态为称苹果双壳菌（Diplocarpon mali Harada et Sawamura），属
子囊菌门真菌；无性世代苹果盘二孢菌（Marssonina mali (P.Henn.)Ito.），属
半知菌类真菌。
子囊盘肉质，杯状，淡褐色，大小120-220微米×100-150微米，侧丝有1-2个分隔，约与子囊等高，宽2-3微米，顶部稍宽。子囊阔棍棒状，大小55-5微米×14-18微米，有囊盖，内含8个子囊孢子。子囊孢子香蕉形，直或稍弯曲，通常有1个分隔，有的在分隔处稍缢缩。
子囊孢子顶端圆或尖，大小24-30微米×5-6微米。无性态产生菌索。菌索多分枝，粗20-40微米，细胞深褐色，穿行于表皮下，交叉点上方着生分生孢子盘。分生孢子盘初期埋生在表皮下，成熟后突破表皮外露，直径100-200微米。分生
孢子梗栅状排列，单胞，无色，棍棒状，大小1.5-2微米×3-4微米。分生孢子无色，双胞，上胞大且圆，下胞窄且尖，分隔处缢缩，内含2-4个油球，大小20-24微米×7-9微米。偶尔产生单胞分生孢子。
菌丝生长适温为20-25℃。分生孢子在水中才能萌发，萌发温度范围0-35℃，最适25℃，最适pH6-7。10％叶片浸出液及1％葡萄糖可增加孢子萌发率，琼脂促进萌发的效果最好。 该种病原除侵染苹果外，还可侵染沙果、海堂、山定子等。
叶片症状：褐斑病在叶片上主要有针芒型、同心轮纹型和混合型3种。①针芒型。病斑呈针芒放射形向外扩展，斑点小且多，形状不固定，病斑上有很多隆起的小黑点，后期叶片渐黄，病部周围及背部仍保持绿色。②同心轮纹型。发病初期叶面出现黄褐色小点，逐渐扩大为圆形，中心黑褐色，周围黄色，病斑周围有绿色晕圈，直径1-2.5厘米，病斑中心出现轮纹状黑色小点，病斑背部中央深褐色，四周浅褐色，无明显边缘。③混合型。病斑暗褐色，较大。近圆形或数个不规则病斑连接在一起形成不规则形，直径0.3-3厘米，其上散生黑色小点，但轮纹状不明显，后期病叶变黄，病斑边缘仍保持绿色，时间长了病斑中间呈灰白色。上述3种症状一般难以区分，品种不同发病症状不同。3种症状共同特点：发病后期病斑中央变黄，周围仍保持绿色晕圈，且病叶容易脱落。
果实症状：果实染病初期果面有淡褐色小点，渐扩大呈圆形或不规则形，边缘清晰，褐色斑稍凹陷，直径4-6毫米，表面散生褐色小点，病斑表皮下果肉褐色，组织疏松不深，呈干腐海绵状。
叶柄症状：叶柄染病后，产生长圆形褐色病斑，常常导致叶片枯死脱落。
病菌以菌丝团或分生孢子盘在落叶上越冬，第2年春季降雨后产生分生孢子，随雨水冲溅至树冠下部的叶片上，成为初侵染菌源，继而进行多次再侵染。一年内有多次再侵染，其周年流行动态可划分为4个时期。4-6月为病原菌的初侵染期，其中落花后至6月底是子囊孢子侵染期，也是预防褐斑病的第1个关键时期。7月是病原菌累计期，初侵染病斑于7月发病，并大量产孢，进行再次侵染，不断积累侵染菌源，防治病害的第2个关键时期。8月、9月是褐斑病的盛发期和大量落叶期，病原菌若在7月底累积至一定的数量，再遇连续阴雨，可导致病原菌的大量侵染，引起严重落叶。10月、11月随着气温下降，病叶不易脱落，病菌在病叶内不断生长扩大，为越冬作准备，10月底果园内的病叶数量直接决定了越冬病菌的数量。凡春季多雨、夏秋季多雨、高温潮湿的年份，病害就会流行。分生孢子借风雨传播，潜育期一般为6-12天，最长可达45天，发病至病叶脱落历时13-55天。气温高时，潜育期短，发病进程迅速，病叶脱落快。
适宜的气候条件是褐斑病发病较重的主因，不同年份褐斑病发生早晚和发生程度不同，其主要原因是当年雨水来得早晚和降雨次数多少、降雨量大小而定，降雨早、次数多、雨量大，褐斑病发生早且严重，降雨次数少且雨量小，褐斑病发生晚且轻。