2021年12月16日，由南京大学、香港理工大学及澳门大学三校共同创立的“苏港澳高校合作联盟” 正式成立，并在香港和南京同步举行成立仪式。

联盟得到三地政府的全力支持，现已有33所高校加入联盟，其中江苏省21所、香港9所，澳门3所。联盟由南京大学担任首届理事长，香港理工大学、澳门大学及南京师范大学担任首届副理事长。

联盟成立的目的是希望发挥江苏省、香港及澳门三地大学的优势，进一步加强在人才培育及创新科技研究等领域的交流与合作。

联盟为苏港澳高等教育的交流合作开创了全新的局面。联盟汇聚了三地33所精英高校，以打造科研全链条创新，探索人才培养新机制，推进科技成果转化，弘扬与传承优秀传统文化为目标。

2021年12月16日，苏港澳高校合作联盟成立大会以视频连线方式在南京和香港同步举行。

2021年12月16日，“苏港澳高校合作联盟”成立大会以线上线下结合形式举行。教育部部长怀进鹏作视频致辞。江苏省委书记吴政隆，省委副书记、代省长许昆林，香港特区行政长官林郑月娥，澳门特区政府社会文化司司长欧阳瑜，中央人民政府驻澳门联络办公室副主任郑新聪等出席成立大会。

2022年6月16日，苏港澳高校合作联盟江阴实践基地正式投入运行，这是苏港澳高校合作联盟成立以来与地方合作共建的第一个实践基地。

2024年6月21日，苏港澳高校合作联盟常州西太湖实践基地成立。