古代某小国皇帝有了十多位皇子后，在千盼万望的期待下，皇后终于替他生下一位含香公主，皇帝万分惊喜感动，刚想宣布举国同欢时，结果发现公主玉体天生会发出一股难闻的“臭味”，没人愿意接近小公主，御医们找不出治疗方法，皇帝皇后也爱莫能助，只能默默的等待奇迹出现。
皇帝碍于要替公主选驸马，不得不将公主患臭之事公告天下，望有能之士能帮助他最疼惜的公主治愈臭味，得到幸福。他下令谁能把公主的怪病治愈，就把公主许配此人。各地各式各样的奇人异士知道公主的事后，都赶来参与这场盛会。住在偏僻小屋孤寂无名的穷花痴沈梦溪，与系出名门的神医排众而出，争取到替公主治疗的机会。但太医非常鄙视出身寒微的沈梦溪。
沈梦溪努力研制香熏治疗法希望成就一番事业，提炼好香皂后四处找有臭味的人做试验，偶尔在一鱼市场巧遇卖鱼少女含香及其三个卖鱼朋友，第一次的试验失败后，只有含香愿意不辞劳苦继续帮忙沈做实验，且不断的鼓励他。
神医得到太医和
翰林医官院之助，希望找寻到人体里的香穴，以传统的针灸方法医治公主，而另一方面神医又与太医不断破坏阻碍沈梦溪。后来沈梦溪得一对老夫妇的启发，得知如果将四时之花加四时之水混合一起，就可提炼出最香的药丸“冷香丸”，沈开心地往告诉含香，含香忍不住请缨与沈一齐到
大江南北找寻这些元素，两人在此过程中几经历险，终于走到一起。
到了限期，神医始终无法找到香穴，竟建议皇帝向全国百姓用针使他们失去嗅觉。皇帝大怒，最终还是沈梦溪用“冷香丸”令公主玉体发出清香，正当皇帝准备为公主大肆庆祝时，公主的身体突然又回复臭味。正当沈梦溪向公主认罪时，才知公主就是含香，两人终成眷属。
《花好月圆》是部旧瓶装新酒的爱情片，虽然故事听着很俗套，却又有很多新意，就像《史瑞克》里美丽的公主为了爱情，最后宁肯把自己变为丑八怪一样，片中的“含香”公主虽然美丽，却因奇臭而无人理睬。杨千嬅素来为人所赞誉的超级亲和力此次发挥到极致，在笑容泪眼中恰到好处地诠释出“含香”公主的温柔忧伤、善良可亲、憨傻直爽，拍文艺片见长的任贤齐此次扮演沈梦溪也属他的拿手好戏，两人的表演相得益彰。值得称道的是本片影像效果也非常讲究，加上搞笑噱头，再佐以香气扑鼻的蘸料、酸辣适中的调味、回味绵长的意蕴，整部影片就像一道精心制作的温情小菜。影片还特意在古典之美中融入许多时尚和现代元素，比如说男女主人公极具波西米亚风情的着装。另外，本片的爱情主题也十分别致且耐人寻味：虽然彼此都不完美，但只要真心相爱，臭味相投，就一定能让这段爱恋长长久久，如此非同寻常的誓言和“遗臭万年”的爱情故事不免让人为之怦然心动。（网易评）