芝城港，唐贞元年间(785～805年)，有临江、
通济、东仙等码头。位于建瓯城区西南面，福分、瓯浦、瓯朋干线公路穿港而过，是闽北仅次于南平港的主要港口。
通济门码头 原是自然驳岸。民国18年，驻军卢兴明发起修建码头(现为2号泊位)。经费来源于盐商捐助和商店募集。修建后，码头总长83米，有4个20吨泊位，年吞吐能力1万吨。1976年，新建1号泊位，采用重力驳岸式结构，长83米，可靠泊12吨级船舶，年吞吐能力13万吨。1978年，建阳地区交通局拨款4万元，新建3号泊位，码头分上下，弯道弧形相接，呈马蹄形，长90米，下向左方延伸，总长100米，宽12.5米。陆上岸坡为泥结碎石，路面长60米。泊位建成后，可靠泊15～20吨级船只，年吞吐量为20万吨。1982～1984年，南平地区交通局先后拨款1.3万元，修建3号泊位上下场地。斜坡式阶梯用
水泥混凝土加固。经整修沿伸，靠泊点增至10个，一般水位时，30吨级船舶可靠泊装卸，丰水期100吨级船只可直靠码头。1985年靠泊船只339艘，
货物吞吐量25.35万吨，比1949年增加1倍。
临江门码头 位于通济门码头上游，原系自然驳岸，结构简易，面积2000平方米，长80米，有20个泊点，历来为大米贸易集散地，明清时期较兴盛。崇阳溪、南通溪沿岸的大米、黄豆和土特产都经水运到此。返航时运京果、水产和杂货。日常汇集码头的船舶有300～400艘，其中最多的为江西(十锦标)船，其次是浦城、水吉的木帆船。清末，船工因争泊位常发生纠纷，后经县官裁决，浦城、水吉船靠泊码头第一段，江西船靠泊中段，本县船只靠泊第三段。新中国成立后，仍为大米贸易码头。1953年粮食统购统销后，粮食贸易受到限制；汽车运输日渐发展，逐渐取代水运，装卸业务每况愈下。1970年后，建阳宸前水电站、建瓯叶坊、红塘泵电站相继建成，航道阻断，码头荒废。
东仙码头 位于建瓯城郊松溪河畔，包括东门和长桥门(通仙)泊船埠头。东门为阶梯式结构，面积3360平方米，长120米；长桥门系简易式结构，2750平方米，长70米。共有20个泊位。历来为松溪客货运码头，源于唐朝。明清至民国时期是水上农贸市场，松溪、政和及建瓯东峰、东游、川石、水北4个乡镇的粮食、茶叶和农副产品都运抵此处销售，返航时则运食盐、日用百货、水产、杂货等，常年在码头营运的木帆船有100～200艘。1955年8月，粮食实行统购统销，改由新建的专业码头装卸，茶叶也改由新建的水南码头装卸，东仙码头日趋衰落。1966年，瓯政公路通车，汽车运输逐渐取代航运，加上东游排灌站和马鞍水电站建成碍航，码头废弃。
企业专用码头 始建于1960年。柳坑木材码头：建于1960年，为大洲贮木场水上专用码头，年吞吐量20吨以上。柴竹炭码头：是供销社柴竹炭购销站专用码头，位于水西大桥上游100米处，1971年耗资15万元建成，靠泊能力20吨，有3个堆场，年综合通过能力10万吨以上。茶叶码头：是建瓯茶厂专用码头。位于水南大桥上游300米处，1960年由建瓯县搬运公司出资修建，可靠泊10吨级船只，年综合通过能力2万吨，年吞吐量5000吨以上。粮食码头：包括水南和水西两个船埠，是建瓯市粮食局专用码头，分别于1983年、1985年建成，总投资9.58万元，可靠泊20吨级船只，年综合通过能力2万吨，年吞吐量1万吨。