艾美球虫亚目大小配子体分别独立发育，无细胞融合。小配子体能产生多个小配子。合子不运动。孢子通常被包围在孢子囊中，孢子囊在卵囊内。有或无宿主更换。

主要科：

1、艾美球虫科（Eimeridae Leger，1911），可在同一宿主体内完成裂殖生殖（无性生殖）和配子生殖（有性生殖）。而孢子生殖——形成孢子囊和孢子体，则多在外界环境中完成。在宿主体内找到的卵囊通常是未成熟的。在外界环境中发育所需时间随虫种、温度和湿度而不同。寄生于青鱼肠中的青鱼艾美球虫及住肠艾美球虫的孢子的形成通常在宿主肠中完成（陈启鎏，1956）。卵囊内有2个孢子囊，每个孢子囊内有4个孢子体或卵囊内有4个孢子囊，每个孢子囊内有2~4个孢子体。

2. 巴罗球虫科（Barrouxiidae Leger，1991）卵囊内所含孢子囊数因属而异，孢子囊双壳，两壳之间有裂缝。

3. 阿德科（Adeleidae Leger，1911）具有上述亚目之特征。即大配子体与小配子体联合发育。小配子体产生4个小配子。孢子体包于囊中，无孢内生殖等。