核动力潜艇、常规动力潜艇以及布雷艇、扫雷艇、猎潜艇、导弹快艇等小型舰艇均设艇长。潜艇艇长编制军衔一般为海军少校至上校，小型舰艇的艇长一般为海军上尉或大尉。潜艇艇长通过副艇长、部门长组织和开展各项工作。在不设副艇长和部门长的小型舰艇上，艇长通常直接对全艇实施统一指挥。舰艇编队时，艇长服从编队指挥官的指挥，遂行训练、演习和作战等任务。艇长的主要职责和应具备的基本条件与舰长大体相同。潜艇艇长还应具有潜艇系统理论知识和指挥单艇独立进行训练和作战的能力，核动力潜艇艇长还须掌握核动力理论和技术。有些国家海军的核动力潜艇艇长，有时还被赋予某些特殊的职权，并在遂行特殊任务时接受更高层次的直接指挥。