舟山市水产研究所（舟山市渔业检验检测中心）是专门从事水产技术研究、应用开发及推广为主的公益性科研机构，另设 “舟山市水生动物防疫检疫中心”和浙江省海洋开发研究院水产养殖技术研究推广中心。现有专业技术人员20多名，具中、高级职称15名。浙江省“151”第二、三层次各1人，舟山市“新世纪111人才工程”培养人员4人，舟山市专业技术拔尖人才1人。

舟山市水产研究所（舟山市渔业检验检测中心）在普陀区朱家尖拥有占地150亩的科研实验基地，基地建有育苗水体1500 m3，实验楼1000m2，办公、生活综合楼1000 m2。拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收分光光度计、全自动细菌检测仪、生物电泳图像分析系统、荧光显微镜等大型科研实验设备。检测中心通过浙江省质量技术监督局的计量认证和农业部农产品质量安全检测机构考核，是浙江省无公害水产品产地环境定点检测机构，可以承担渔业环境、水产品等153个项目/参数的检测工作。2001年与浙江省水产引种育种中心共同组建了浙江华兴海水种苗有限公司，公司在普陀区朱家尖和六横的台门、双塘各建有养殖示范基地，共拥有育苗水体2200 m3，温室大棚85亩，浅海网箱近200个。

研究所主要从事以下方面的工作：重要水产养殖品种的遗传育种、种苗培育、示范养殖，优良新品种的引进、驯化和养殖开发； 渔业资源及其种质的调查和保护，渔业资源增殖放流，渔业生态环境的监测和修复；水产品加工和质量安全相关技术研究，初级水产品质量、无公害产品及产地环境的监测和检测； 水生生物疫病的防治和检疫，主要海水养殖品种的病害调查、监测和防治；海洋与渔业技术的培训、咨询和技术服务，海洋与渔业新技术、新成果的引进、吸收和转化推广；海水观赏鱼类的繁育、养殖及其开发利用的技术研究；随着浙江舟山群岛新区的建立，舟山社会经济的快速发展，研究所（中心）在舟山市海洋经济发展中起到越来越重要的技术支撑作用。

舟山市水产研究一直以来致力于海水产品全人工苗种繁育工作。在岱衢族大黄鱼、三疣梭子蟹、鮸鱼、条石鲷、厚壳贻贝等育苗上取得了巨大的成功，综合育苗技术处于国内领先水平，产生了一批标志性的研究成果。“十一五”期间荣获浙江省科技进步一等奖1项、浙江省科技进步三等奖1项、舟山市科技进步奖二等奖1项、舟山市科技进步奖三等奖5项、发表科研论文100多篇。