自耕农户是元代农民中自耕农户大量减少，这是因为北方的自耕农在战乱中大量被掠为驱奴，又有大量农户沦为权豪的部曲（农奴）。

东平严氏集团的将校，即占民为部曲户，称为“脚寨”。蒙古贵族在城市近郊和军兵驻所，强占大片民田作牧场，也迫使大批自耕农户流离失所。幸存的自耕农，和地主一起被列为“民户”，要负担繁重的丁税、地税和多种差役，因而往往被迫流亡。一二八三年，崔或奏报，自北方内地流移江南逃避赋役的农民已有十五万户。以后，这种人口南流的趋势一直不曾停止。

江南生产原来较为发展，又不曾遭受北方那样长期战乱的破坏，但是，随着土地兼并和租佃关系的发展，自耕农也越来越多地沦为佃户。《元典章·户部五》收录的一个公文说：“江南佃民，多无己产，皆于富豪佃种田土。”同书《圣政·二》杭州官员的奏报说：“蛮子百姓每，不似汉儿百姓每，富户每有田地，其余他百姓每无田地，种着富户每的田地”。这所谓百姓，即是良民。这个公文只是反映出北方租佃关系的薄弱和驱奴制的盛行，并不说明汉人自耕农的众多。但是，它恰恰说明了江南地区农民多是佃户，自耕农为数甚少，处于不被重视的地位。