自组织系统(self—organizing system)， 一种高级的有组织系统。它不需外力的干预，能自行建立秩序，提高有序度，从一种组织状态内另一种组织状态转变。

自组织系统本身是个不稳定的或亚稳定的系统，它通过一个组织核心，根据系统内部各元素或组成部分相互作用所产生的一条自动之择链，而产生一种不可逆的组织过程。生命起源，物种进化、人类思维、社会组织等复杂系统中都存在自组织过程。自组织核心最初可能是随机形成的，它的微小差别可以导致最后形成大组织后出现巨大差别，物种发展就有此情况。自组织核心也可以是人为的，故它可以成为人类建立所需组织系统的一种途径。自组织系统的高级形式是可以实现“自再生”和“自繁殖”的系统，这些系统不仅能在要素数量已定的情况下改变其结构，而且还能用新的要素替换旧的要素，从而实现“再生”，如果此过程同系统在数量上的增长相结合，那就是自繁殖系统。